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- PDB-1ji5: Dlp-1 from bacillus anthracis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ji5
タイトルDlp-1 from bacillus anthracis
要素Dlp-1
キーワードMETAL TRANSPORT / dodecamer / four-helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / oxidoreductase activity, acting on metal ions / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dps protein family signature 2. / Dps protein family signature 1. / DNA-binding protein Dps, conserved site / DNA-binding protein Dps / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily ...Dps protein family signature 2. / Dps protein family signature 1. / DNA-binding protein Dps, conserved site / DNA-binding protein Dps / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA protection during starvation protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Papinutto, E. / Dundon, W.G. / Pitulis, N. / Battistutta, R. / Montecucco, C. / Zanotti, G.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Structure of two iron-binding proteins from Bacillus anthracis.
著者: Papinutto, E. / Dundon, W.G. / Pitulis, N. / Battistutta, R. / Montecucco, C. / Zanotti, G.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: The Crystal Structure of Dps, a Ferritin Homolog that Binds and Protects DNA
著者: Grant, R.A. / Filman, D.J. / Finkel, S.E. / Kolter, R. / Hogle, J.M.
#2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: The Dodecameric Ferritin from Listeria innocua Contains a Novel Intersubunit Iron-binding Site
著者: Ilari, A. / Stefanini, S. / Chiancone, E. / Tsernoglou, D.
履歴
登録2001年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dlp-1
B: Dlp-1
C: Dlp-1
D: Dlp-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,0459
ポリマ－65,7034
非ポリマー3425
水2,684149
1
A: Dlp-1
B: Dlp-1
C: Dlp-1
D: Dlp-1
ヘテロ分子

A: Dlp-1
B: Dlp-1
C: Dlp-1
D: Dlp-1
ヘテロ分子

A: Dlp-1
B: Dlp-1
C: Dlp-1
D: Dlp-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,13427
ポリマ－197,10912
非ポリマー1,02515
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area37190 Å2
ΔGint-437 kcal/mol
Surface area57910 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)89.224, 89.224, 210.165
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
詳細The biological assembly is a dodecamer generated from the tetramer in the asymmetric unit by the operations: -y, x-y, z and -x+y, -x, z

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要素

#1: タンパク質
Dlp-1


分子量: 16425.777 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: dlp-1 / プラスミド: pSM214G / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-blue / 参照: UniProt: Q8RPQ2
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: ammonium acetate, citrate buffer, MPD, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.2 Mammonium acetate1reservoir
20.1 Mcitrate1reservoirpH5.6
330 %MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.2 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月12日
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 20677 / Num. obs: 20677 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 51.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 3107 / % possible all: 98
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Rmerge(I) obs: 0.1
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98 % / Num. unique obs: 3107 / Rmerge(I) obs: 0.38

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: HP-NAP model

解像度: 2.5→21.26 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 2598111.61 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Non-crystallographic symmetrry was imposed to the four subunits during the refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.291 1414 6.8 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs0.226 20676 95.7 %-
all-20676 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 65.39 Å2 / ksol: 0.338 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 48.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.47 Å25.52 Å20 Å2
2--3.47 Å20 Å2
3----6.94 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.44 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→21.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4612 0 12 149 4773
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.74
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.9172
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.9913
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.3133
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.6294
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR / Rms dev position: 0.032 Å / Weight Biso : 10 / Weight position: 300
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 236 6.7 %
Rwork0.32 3280 -
obs-3107 97.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4MPD.PARAM
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 50 Å / Rfactor obs: 0.226 / Rfactor Rfree: 0.291 / Rfactor Rwork: 0.226
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg18.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.74
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.326 / Rfactor Rwork: 0.32 / Rfactor obs: 0.32

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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