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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jhq | ||||||
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タイトル | Three-dimensional Structure of CobT in Complex with Reaction Products of 5-methoxybenzimidazole and NaMN | ||||||
![]() | Nicotinate Mononucleotide:5,6-Dimethylbenzimidazole Phosphoribosyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / CobT / Cobalamin Biosynthesis / Lower ligand / Cobamides / NN:DBI PRT / N1-Alpha-Phosphoribosyltransferase | ||||||
機能・相同性 | ![]() nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase / nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase activity / cobalamin biosynthetic process / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cheong, C.G. / Escalante-Semerena, J. / Rayment, I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural investigation of the biosynthesis of alternative lower ligands for cobamides by nicotinate mononucleotide: 5,6-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase from Salmonella enterica. 著者: Cheong, C.G. / Escalante-Semerena, J.C. / Rayment, I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 79.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 57.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36675.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: Q05603, nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase |
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#2: 化合物 | ChemComp-PMO / |
#3: 化合物 | ChemComp-NIO / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.35 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: Ammonium Phosphate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 278 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2000年8月25日 / 詳細: Mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. obs: 20523 / % possible obs: 88.9 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 12.8 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.06 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 67.8 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 67.8 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1D0S 解像度: 2→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.178 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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