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万見
- PDB-1jhn: Crystal Structure of the Lumenal Domain of Calnexin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jhn
タイトルCrystal Structure of the Lumenal Domain of Calnexin
要素calnexin
キーワードCHAPERONE / jelly-roll / beta sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


melanosome membrane / clathrin-dependent endocytosis / synaptic vesicle endocytosis / ERAD pathway / mitochondrial membrane / unfolded protein binding / protein folding / presynapse / carbohydrate binding / calcium ion binding ...melanosome membrane / clathrin-dependent endocytosis / synaptic vesicle endocytosis / ERAD pathway / mitochondrial membrane / unfolded protein binding / protein folding / presynapse / carbohydrate binding / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
Calnexin lumenal domain, non-globular proline-rich hairpin domain / Calreticulin/calnexin, P domain / Calreticulin family repeated motif signature. / Calreticulin/calnexin / Calreticulin/calnexin, P domain superfamily / Calreticulin/calnexin, conserved site / Calreticulin family / Calreticulin family signature 1. / Calreticulin family signature 2. / Jelly Rolls - #200 ...Calnexin lumenal domain, non-globular proline-rich hairpin domain / Calreticulin/calnexin, P domain / Calreticulin family repeated motif signature. / Calreticulin/calnexin / Calreticulin/calnexin, P domain superfamily / Calreticulin/calnexin, conserved site / Calreticulin family / Calreticulin family signature 1. / Calreticulin family signature 2. / Jelly Rolls - #200 / Ribbon / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Canis lupus familiaris (イヌ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散, SAS, 多波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Schrag, J.D. / Bergeron, J.M. / Li, Y. / Borisova, S. / Hahn, M. / Thomas, D.Y. / Cygler, M.
引用
ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2001
タイトル: The Structure of calnexin, an ER chaperone involved in quality control of protein folding.
著者: Schrag, J.D. / Bergeron, J.J. / Li, Y. / Borisova, S. / Hahn, M. / Thomas, D.Y. / Cygler, M.
#1: ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Identification and Crystallization of a Protease-Resistant Core of Calnexin that Retains Biological Activity
著者: Hahn, M. / Borisova, S. / Schrag, J.D. / Tessier, D.C. / Zapun, A. / Tom, R. / Kamen, A.A. / Bergeron, J.J. / Thomas, D.Y. / Cygler, M.
履歴
登録2001年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: calnexin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3322
ポリマ－48,2921
非ポリマー401
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.772, 85.772, 143.476
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 calnexin


分子量: 48291.766 Da / 分子数: 1 / 断片: lumenal domain (residues 45-468) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canis lupus familiaris (イヌ) / 生物種: Canis lupus / 株: familiaris / 細胞株: SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P24643
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.94 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: HEPES, MPD, Calcium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
詳細: used microseeding, Hahn, M., (1998) J. Struct. Biol., 123, 260.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110-15 mg/mlprotein1drop
210 %MPD1drop
320 mMHEPES1drop
41 mM1dropCaCl2
52 %sucrose1drop
625 %MPD1reservoir
710 %PEG80001reservoir
8150 mMHEPES1reservoir
95 mM1reservoirCaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.4 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年1月27日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.4 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→35 Å / Num. all: 12339 / Num. obs: 12339 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 84.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 23.4
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.245 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Rsym value: 0.245 / % possible all: 99.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 82347
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.6 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散, SAS, 多波長異常分散
解像度: 2.9→33.8 Å / σ(F): 4 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber / 詳細: phase restraints used
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.377 529 random
Rwork0.327 --
all-12318 -
obs-11392 -
原子変位パラメータBiso mean: 59.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.9 Å20 Å20 Å2
2---11.9 Å20 Å2
3---23.81 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.76 Å0.61 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.06 Å0.82 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→33.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2853 0 1 0 2854
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.41
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 33.8 Å / σ(F): 4 / Rfactor obs: 0.327
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 59.5 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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