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- PDB-1jhm: Three-dimensional Structure of CobT in Complex with 5-methylbenzi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jhm
タイトルThree-dimensional Structure of CobT in Complex with 5-methylbenzimidazole
要素Nicotinate Mononucleotide:5,6-Dimethylbenzimidazole Phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / CobT / Cobalamin Biosynthesis / Lower ligand / Cobamides / NN:DBI PRT / N1-Alpha-Phosphoribosyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase / nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase activity / cobalamin biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
5,6-Dimethylbenzimidazole Phosphoribosyltransferase; Chain: A; domain 1 / Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase (CobT), small domain / Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase, bacterial type / Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase, N-terminal / Phosphoribosyltransferase / Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase (CobT), large domain / Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase / Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase-like superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle ...5,6-Dimethylbenzimidazole Phosphoribosyltransferase; Chain: A; domain 1 / Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase (CobT), small domain / Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase, bacterial type / Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase, N-terminal / Phosphoribosyltransferase / Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase (CobT), large domain / Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase / Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase-like superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-METHYLBENZIMIDAZOLE / PHOSPHATE ION / Nicotinate-nucleotide--dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica (サルモネラ菌)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Cheong, C.G. / Escalante-Semerena, J. / Rayment, I.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Structural investigation of the biosynthesis of alternative lower ligands for cobamides by nicotinate mononucleotide: 5,6-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase from Salmonella enterica.
著者: Cheong, C.G. / Escalante-Semerena, J.C. / Rayment, I.
履歴
登録2001年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nicotinate Mononucleotide:5,6-Dimethylbenzimidazole Phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9984
ポリマ－36,6761
非ポリマー3223
水1,856103
1
A: Nicotinate Mononucleotide:5,6-Dimethylbenzimidazole Phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子

A: Nicotinate Mononucleotide:5,6-Dimethylbenzimidazole Phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,9958
ポリマ－73,3512
非ポリマー6446
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area5810 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area21240 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)71.820, 90.050, 47.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Nicotinate Mononucleotide:5,6-Dimethylbenzimidazole Phosphoribosyltransferase / E.C.2.4.2.21 / NICOTINATE-NUCLEOTIDE--DIMETHYLBENZIMIDAZOLE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE / NN:DBI PRT


分子量: 36675.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica (サルモネラ菌)
発現宿主: Salmonella enterica (サルモネラ菌)
参照: UniProt: Q05603, nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-5MB / 5-METHYLBENZIMIDAZOLE


分子量: 132.163 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H8N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.36 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: Ammonium Phosphate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
16 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1drop
3100 mM1dropNaCl
41.4 Mammonium phosphate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 278 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54184
検出器タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2000年11月13日 / 詳細: Double Focusing Mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 13880 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 1.1 % / Rmerge(I) obs: 0.156 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 85.7
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 85.7 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータ削減
TNT精密化
XDSデータスケーリング
TNT位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1D0S

1d0s


解像度: 2.2→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.302 1388 10 %random
Rwork0.183 ---
all-13880 --
obs-13880 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2420 0 20 103 2543
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.91
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.183
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.91
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg16.3
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.011

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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