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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jgr | ||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal Structure Analysis of the B-DNA Dodecamer CGCGAATTCGCG with Thallium Ions. | ||||||||||||||||||
![]() | 5'-D(*![]() DNA / DOUBLE HELIX / DEOXYRIBONUCLEIC ACID / THALLIUM | 機能・相同性 | THALLIUM (I) ION / DNA / DNA (> 10) | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() Howerton, S.B. / Sines, C.C. / VanDerveer, D. / Williams, L.D. | ![]() ![]() タイトル: Locating monovalent cations in the grooves of B-DNA. 著者: Howerton, S.B. / Sines, C.C. / VanDerveer, D. / Williams, L.D. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 47.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 32.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 327.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 330.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 1.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 3.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1fqnS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | ChemComp-MG / | #3: 化合物 | ChemComp-TL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.24 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: DNA, thallium acetate, magnesium acetate, MPD, spermine acetate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.14→35 Å / Num. all: 21760 / Num. obs: 21760 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 16.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 16.4 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.28 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Num. unique all: 3249 / % possible all: 68 | ||||||||||||||||||
反射 | *PLUS 最低解像度: 35 Å / % possible obs: 93 % / Num. measured all: 290894 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 68 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: PDB ENTRY 1FQN 解像度: 1.2→10 Å / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / 交差検証法: R FREE / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: PARKINSON et al.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 19.5 Å2 | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.2 Å / 最低解像度: 35 Å / σ(F): 2 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |