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万見
- PDB-1jft: PURINE REPRESSOR MUTANT-HYPOXANTHINE-PURF OPERATOR COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jft
タイトルPURINE REPRESSOR MUTANT-HYPOXANTHINE-PURF OPERATOR COMPLEX
要素
  • 5'-D(*TP*AP*CP*GP*CP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*GP*CP*GP*T)-3'
  • PURINE NUCLEOTIDE SYNTHESIS REPRESSOR
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / TRANSCRIPTION REGULATION / DNA-BINDING / REPRESSOR / PURINE BIOSYNTHESIS / COMPLEX (DNA-BINDING PROTEIN-DNA) / ALLOSTERIC REGULATION / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


guanine binding / negative regulation of purine nucleotide biosynthetic process / purine nucleotide biosynthetic process / DNA-binding transcription repressor activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator HTH, PurR / LacI-type HTH domain signature. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / lambda repressor-like DNA-binding domains / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) ...Transcription regulator HTH, PurR / LacI-type HTH domain signature. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / lambda repressor-like DNA-binding domains / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HYPOXANTHINE / PHOSPHATE ION / DNA / DNA (> 10) / HTH-type transcriptional repressor PurR
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Huffman, J.L. / Lu, F. / Zalkin, H. / Brennan, R.G.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Role of residue 147 in the gene regulatory function of the Escherichia coli purine repressor.
著者: Huffman, J.L. / Lu, F. / Zalkin, H. / Brennan, R.G.
履歴
登録2001年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*TP*AP*CP*GP*CP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*GP*CP*GP*T)-3'
A: PURINE NUCLEOTIDE SYNTHESIS REPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4104
ポリマ－43,1792
非ポリマー2312
水1,17165
1
B: 5'-D(*TP*AP*CP*GP*CP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*GP*CP*GP*T)-3'
A: PURINE NUCLEOTIDE SYNTHESIS REPRESSOR
ヘテロ分子

B: 5'-D(*TP*AP*CP*GP*CP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*GP*CP*GP*T)-3'
A: PURINE NUCLEOTIDE SYNTHESIS REPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,8208
ポリマ－86,3584
非ポリマー4624
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)175.918, 95.250, 81.349
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細The biological assembly is a protein homodimer bound to duplex purF operator DNA.

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*AP*CP*GP*CP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*GP*CP*GP*T)-3'


分子量: 5202.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 PURINE NUCLEOTIDE SYNTHESIS REPRESSOR


分子量: 37976.465 Da / 分子数: 1 / Mutation: W147A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: PURR / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 LAMBDA DE3 / 参照: UniProt: P0ACP7
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-HPA / HYPOXANTHINE / ヒポキサンチン


分子量: 136.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N4O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.68 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 4000, ammonuim sulfate, ammonium phosphate, cobalt hexammine, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 400011
2NH4PO411
3NH4SO411
4Co(NH3)611
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
18 mg/mlprotein1drop
225 %PEG40001reservoir
30.4 Mammonium sulfate1reservoir
450 mMcobalt hexammine chloride1reservoir
50.1 Mammonium phosphate1reservoirpH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: UCSD MARK III / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年9月6日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→11 Å / Num. all: 44665 / Num. obs: 44665 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 40.938 Å2 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 6.088
反射 シェル解像度: 2.5→2.69 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 16676 / Rsym value: 0.234 / % possible all: 95.4
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / Num. obs: 23194 / % possible obs: 97.5 % / Num. measured all: 44665 / Rmerge(I) obs: 0.064
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.4 % / Rmerge(I) obs: 0.235

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解析

ソフトウェア
名称分類
TNT精密化
SDMSデータ削減
SDMSデータスケーリング
TNT位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PNR

1pnr


解像度: 2.5→10 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber /
Rfactor反射数
obs0.192 -
all-105507
溶媒の処理Bsol: 111.855 Å2 / ksol: 0.46275 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 4.619 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2660 345 15 65 3085
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01731122.6
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.74542303.5
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d20.13118400
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.0066710
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.00641612
X-RAY DIFFRACTIONt_it4.61930977.4
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.03625436
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Rfactor obs: 0.191
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.00610
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.00612

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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