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- PDB-1jfr: CRYSTAL STRUCTURE OF THE STREPTOMYCES EXFOLIATUS LIPASE AT 1.9A R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jfr
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE STREPTOMYCES EXFOLIATUS LIPASE AT 1.9A RESOLUTION: A MODEL FOR A FAMILY OF PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASES
要素LIPASEリパーゼ
キーワードSERINE HYDROLASE / LIPASE (リパーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase activity / lipid catabolic process
類似検索 - 分子機能
Platelet-activating factor acetylhydrolase-like / Platelet-activating factor acetylhydrolase, isoform II / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Triacylglycerol acylhydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces exfoliatus (バクテリア)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Wei, Y. / Derewenda, Z.S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: Structure of a microbial homologue of mammalian platelet-activating factor acetylhydrolases: Streptomyces exfoliatus lipase at 1.9 A resolution.
著者: Wei, Y. / Swenson, L. / Castro, C. / Derewenda, U. / Minor, W. / Arai, H. / Aoki, J. / Inoue, K. / Servin-Gonzalez, L. / Derewenda, Z.S.
履歴
登録1997年7月11日処理サイト: BNL
改定 1.01998年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LIPASE
B: LIPASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9342
ポリマ－55,9342
非ポリマー00
水11,025612
1
A: LIPASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9671
ポリマ－27,9671
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: LIPASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9671
ポリマ－27,9671
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.500, 53.000, 81.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 LIPASE / リパーゼ


分子量: 27967.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces exfoliatus (バクテリア)
遺伝子: STREPTOMYCES EXFOLIATUS / 遺伝子 (発現宿主): STREPTOMYCES EXFOLIATUS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q56008
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 612 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 8

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化pH: 7.75 / 詳細: pH 7.75
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
150 mMTris-HCl1drop
25.0-7.0 mg/mlprotein1drop
330 %ammonium sulfate1reservoir
410 %MME20001reservoir
56 %PEG60001reservoir
6200 mMphosphate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年7月8日 / 詳細: MIRRORS
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 49042 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 14.75
反射
*PLUS
Num. measured all: 235302 / Rmerge(I) obs: 0.054

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4データ削減
SHELX-90モデル構築
SHELX-90精密化
CCP4データスケーリング
SHELX-90位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.9→8 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
Rfree0.186 -
Rwork0.14 -
obs-48642
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.01 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3924 0 0 607 4531
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0160.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0280.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0520.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.3012
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.393
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.8462
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.2163
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor9.237
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor2115
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor1815
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.14 / Rfactor Rwork: 0.14
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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