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- PDB-1jfl: CRYSTAL STRUCTURE DETERMINATION OF ASPARTATE RACEMASE FROM AN ARCHAEA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jfl
タイトルCRYSTAL STRUCTURE DETERMINATION OF ASPARTATE RACEMASE FROM AN ARCHAEA
要素ASPARTATE RACEMASE
キーワードISOMERASE / ALPHA-BETA STRUCTURE / HOMO-DIMER / HOMOLOGOUS DOMAINS
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartate racemase activity / aspartate racemase
類似検索 - 分子機能
Aspartate racemase / Asp/Glu racemase, active site 1 / Aspartate and glutamate racemases signature 1. / Aspartate and glutamate racemases signature 2. / Rossmann fold - #1860 / Asp/Glu racemase / Asp/Glu/hydantoin racemase / Asp/Glu/Hydantoin racemase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Aspartate racemase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Liu, L.J. / Iwata, K. / Kita, A. / Kawarabayasi, Y. / Yohda, M. / Miki, K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of aspartate racemase from Pyrococcus horikoshii OT3 and its implications for molecular mechanism of PLP-independent racemization.
著者: Liu, L. / Iwata, K. / Kita, A. / Kawarabayasi, Y. / Yohda, M. / Miki, K.
履歴
登録2001年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ASPARTATE RACEMASE
B: ASPARTATE RACEMASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3872
ポリマ－50,3872
非ポリマー00
水5,675315
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2590 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area19450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.481, 58.685, 67.035
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.62, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ASPARTATE RACEMASE


分子量: 25193.729 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / 遺伝子: PH0670 / プラスミド: PET23C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O58403, aspartate racemase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.89 %
結晶化温度: 293.2 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: PEG6000, sodium citrate, calcium chloride, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.2K
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / 詳細: Liu, L., (2001) Acta Crystallogr., D57, 1674.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
116.5 %(w/v)PEG60001reservoir
20.10 Msodium citrate1reservoirpH4.0
330 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
2901
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-6A11
シンクロトロンSPring-8 BL44B221
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2000年5月18日
MARRESEARCH2CCD2000年10月10日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111 channelSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2a fixed-exit double crystal monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 37943 / Num. obs: 37256 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 19.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.176 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 5352 / Rsym value: 0.15 / % possible all: 98.4
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 191528
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.2 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
CNS1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.9→20 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 1852 -RANDOM
Rwork0.194 ---
all-37904 --
obs-37184 98.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.228 Å20 Å20.737 Å2
2--1.374 Å20 Å2
3----3.602 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3524 0 0 315 3839
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.254
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.194
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.25
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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