PDB-1jex: SOLUTION STRUCTURE OF A67V MUTANT OF RAT FERRO CYTOCHROME B5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1jex

タイトル

SOLUTION STRUCTURE OF A67V MUTANT OF RAT FERRO CYTOCHROME B5

要素

CYTOCHROME B5

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / CYTOCHROME B5 / SOLUTION STRUCTURES

機能・相同性

機能・相同性情報

Vitamin C (ascorbate) metabolism / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / response to cadmium ion / electron transfer activity / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / endoplasmic reticulum / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Shahzad, N. / Dangi, B. / Blankman, J.I. / Guiles, R.D.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: MUTAGENIC MODULATION OF THE ENTROPY CHANGE ON OXIDATION OF CYTOCHROME B5: AN ANALYSIS OF THE CONTRIBUTION OF CONFORMATIONAL ENTROPY
著者: SHAHZAD, N. / DANGI, B. / BLANKMAN, J.I. / GUILES, R.D.

履歴

登録	2001年6月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年7月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年10月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1jex.cif.gz	565.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1jex.ent.gz	473.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1jex.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/1jex ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/1jex	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ib7C 1b5a C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1b5m-d 1ib7-d 2i89-3 4dp5-d 1m59-d 2pos-1 1plc-d 1es1-d 3mus-1 4hin-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (7)

登録構造単位

A: CYTOCHROME B5

ヘテロ分子

11.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	structures with acceptable covalent geometry, structures with the least restraint violations, target function
代表モデル	モデル #1	fewest violations, lowest energy

#1: タンパク質	CYTOCHROME B5 分子量: 10841.962 Da / 分子数: 1 / 変異: A67V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: PET3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00173
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	HNHA
1	3	1	3D 15N-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 2MM F35Y CYTOCHROME B5;1MM PHOSPHATE BUFFER; PURGED WITH NITROGEN GAS AND REDUCED BY ADDING FEW GRAINS OF SODIUM DITHIONATE AND SEALED USING OXY-ACETYLENE TORCH; 0.05 MM TSP AS INTERNAL REFERENCE 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 1 mM / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 313 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
DYANA	1.5	Guentert, P.	精密化
XwinNMR	2.1	Bruker	collection
Felix	97	MSI	データ解析
NMRPipe	1.8	Delaglio, F.	解析

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURE WAS CALCULATED USING 1177 NOE RESTRAINTS AND 75 DIHEDRAL ANGLE RESTRAINTS; RESIDUES 1-3 AND 89-94 WERE NOT INCLUDED IN THE REFINED MODEL BECAUSE OF A LACK OF RESTRAINTS IN THESE ...

代表構造

選択基準: fewest violations, lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry, structures with the least restraint violations, target function
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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