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万見
- PDB-1jek: Visna TM CORE STRUCTURE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jek
タイトルVisna TM CORE STRUCTURE
要素(ENV POLYPROTEIN) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / ENVELOPE GLYCOPROTEIN / RETROVIRUS / HIV / SIV / GP41
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
ATP synthase delta/epsilon subunit, C-terminal domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Malashkevich, V.N. / Singh, M. / Kim, P.S.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: The trimer-of-hairpins motif in membrane fusion: Visna virus.
著者: Malashkevich, V.N. / Singh, M. / Kim, P.S.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998
タイトル: Crystal Structure of the Simian Immunodeficiency Virus (Siv) Gp41 Core: Conserved Helical Interactions Underlie the Broad Inhibitory Activity of Gp41 Peptides
著者: Malashkevich, V.N. / Chan, D.C. / Chutkowski, C.T. / Kim, P.S.
#2: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1997
タイトル: Core Structure of Gp41 from the HIV Envelope Glycoprotein
著者: Chan, D.C. / Fass, D. / Berger, J.M. / Kim, P.S.
履歴
登録2001年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENV POLYPROTEIN
B: ENV POLYPROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4642
ポリマ－8,4642
非ポリマー00
水2,558142
1
A: ENV POLYPROTEIN
B: ENV POLYPROTEIN

A: ENV POLYPROTEIN
B: ENV POLYPROTEIN

A: ENV POLYPROTEIN
B: ENV POLYPROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3916
ポリマ－25,3916
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area13060 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area11000 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)52.548, 52.548, 61.686
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1-

HOH

21A-4-

HOH

31A-40-

HOH

41A-46-

HOH

51B-42-

HOH

詳細Trimer is formed around the crystallographic 3-fold axis

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要素

#1: タンパク質・ペプチド ENV POLYPROTEIN / COAT POLYPROTEIN


分子量: 4336.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: This peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in Visna virus.
参照: UniProt: P35954
#2: タンパク質・ペプチド ENV POLYPROTEIN / COAT POLYPROTEIN


分子量: 4126.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: This peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in Visna virus.
参照: UniProt: P35954
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.67 % / 解説: POLYSERINE MODEL
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% tert-butanol, 0.1M TRIS-HCL, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
225 %tert-butanol1reservoir
30.1 MTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 1.28
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→25 Å / Num. obs: 16300 / % possible obs: 90.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 22.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 1.5→1.52 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.138 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.138 / % possible all: 64.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 52353
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / % possible obs: 64.7 % / Rmerge(I) obs: 0.259

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2SIV

2siv


解像度: 1.5→9.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 914104.1 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 1559 10.1 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.213 15369 94.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 94.78 Å2 / ksol: 0.451 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.82 Å23.16 Å20 Å2
2--6.82 Å20 Å2
3----13.64 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→9.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数598 0 0 142 740
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d13.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.99
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 202 10.5 %
Rwork0.319 1723 -
obs--72.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.1 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 31.1 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg13.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.99
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.363 / % reflection Rfree: 10.5 % / Rfactor Rwork: 0.319 / Rfactor obs: 0.319

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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