PDB-1je9: NMR SOLUTION STRUCTURE OF NT2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1je9

タイトル

NMR SOLUTION STRUCTURE OF NT2

要素

SHORT NEUROTOXIN II

キーワード

TOXIN / all beta sheet protein / postsynaptic neurotoxin / veonm

機能・相同性

機能・相同性情報

ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Naja kaouthia (コブラ)

手法

溶液NMR / Simulated annealing, molecular dynamics

データ登録者

Cheng, Y. / Wang, W. / Wang, J.

引用

ジャーナル: BIOCHIM.BIOPHYS.ACTA / 年: 2002
タイトル: Structure-function relationship of three neurotoxins from the venom of Naja kaouthia: a comparison between the NMR-derived structure of NT2 with its homologues, NT1 and NT3
著者: Cheng, Y. / Meng, Q. / Wang, W. / Wang, J.

履歴

登録	2001年6月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2001年7月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1je9.cif.gz	325.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1je9.ent.gz	270.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1je9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1je9_validation.pdf.gz	337.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1je9_full_validation.pdf.gz	443.3 KB	表示
XML形式データ	1je9_validation.xml.gz	17.6 KB	表示
CIF形式データ	1je9_validation.cif.gz	28.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/1je9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/1je9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1ik8-d 2bhi-2 1ikc-d 1cvo-d 3plc-2 1mr6-d 1kjs-d 2crt-d 6r5m-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 5052Chemical shifts assignment

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (3) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (3)

登録構造単位

A: SHORT NEUROTOXIN II

6.87 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	18 / 30	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	SHORT NEUROTOXIN II / SHORT NEUROTOXIN 1 - MONOCLED COBRA 分子量: 6869.747 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Naja kaouthia (コブラ) / 参照: UniProt: P59276
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	DQF-COSY
1	3	1	E-COSY
1	4	1	2D TOCSY

-
試料調製

詳細	内容: 4mM NT2 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	pH: 4 / 圧: ambient / 温度: 300 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
Felix	98	MSI	データ解析
XwinNMR	1	BRUKER	collection
CNS	1	A.T. Brunger	構造決定
CNS	1	A.T. Brunger	精密化

精密化

手法: Simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 18

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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