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- PDB-1jdz: CRYSTAL STRUCTURE OF 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE PHOSPHORYLAS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jdz
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE PHOSPHORYLASE WITH FORMYCIN B AND SULFATE ION
要素5'-METHYLTHIOADENOSINE PHOSPHORYLASE
キーワードTRANSFERASE / alpha-beta protein
機能・相同性
機能・相同性情報


S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / uridine catabolic process / uridine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / purine nucleoside catabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nucleoside phosphorylase, conserved site / Purine and other phosphorylases family 1 signature. / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMYCIN B / Purine nucleoside phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Appleby, T.C. / Mathews, I.I. / Porcelli, M. / Cacciapuoti, G. / Ealick, S.E.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Three-dimensional structure of a hyperthermophilic 5'-deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylase from Sulfolobus solfataricus.
著者: Appleby, T.C. / Mathews, I.I. / Porcelli, M. / Cacciapuoti, G. / Ealick, S.E.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1994
タイトル: Purification and characterization of extremely thermophilic and thermostable 5'-methylthioadenosine phosphorylase from the archaeon Sulfolobus solfataricus. Purine nucleoside ...タイトル: Purification and characterization of extremely thermophilic and thermostable 5'-methylthioadenosine phosphorylase from the archaeon Sulfolobus solfataricus. Purine nucleoside phosphorylase activity and evidence for intersubunit disulfide bonds
著者: Cacciapuoti, G. / Porcelli, M. / Bertoldo, C. / De Rosa, M. / Zappia, V.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1990
タイトル: Three-Dimensional Structure of Human Erythrocytic Purine Nucleoside Phosphorylase At 3.2 Resolution
著者: Ealick, S.E. / Rule, S.A. / Carter, D.C. / Greenhough, T.J. / Babu, Y.S.
#3: ジャーナル: Structure / 年: 1999
タイトル: The structure of human 5'-deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylase at 1.7 resolution provides insights into substrate binding and catalysis
著者: Appleby, T.C. / Erion, M.D. / Ealick, S.E.
履歴
登録2001年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-METHYLTHIOADENOSINE PHOSPHORYLASE
B: 5'-METHYLTHIOADENOSINE PHOSPHORYLASE
C: 5'-METHYLTHIOADENOSINE PHOSPHORYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,3839
ポリマ－77,2903
非ポリマー1,0936
水2,612145
1
A: 5'-METHYLTHIOADENOSINE PHOSPHORYLASE
B: 5'-METHYLTHIOADENOSINE PHOSPHORYLASE
C: 5'-METHYLTHIOADENOSINE PHOSPHORYLASE
ヘテロ分子

A: 5'-METHYLTHIOADENOSINE PHOSPHORYLASE
B: 5'-METHYLTHIOADENOSINE PHOSPHORYLASE
C: 5'-METHYLTHIOADENOSINE PHOSPHORYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,76618
ポリマ－154,5816
非ポリマー2,18612
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area21670 Å2
ΔGint-192 kcal/mol
Surface area47320 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)102.6, 176.9, 87.3
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number20
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MC2221
詳細hexamer generated from the trimer in the asymmetric unit by the crystallographic two fold

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要素

#1: タンパク質 5'-METHYLTHIOADENOSINE PHOSPHORYLASE / E.C.2.4.2.28 / MTA PHOSPHORYLASE / MTAP


分子量: 25763.457 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P50389, S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-FMB / FORMYCIN B / ホルマイシンB


分子量: 268.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N4O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.99 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: dioxane, MPD, MgCl2, NaCl, Tris.HCl, pH 7.4, at VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 291K
結晶化
*PLUS
詳細: used microseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
17-10 mg/mlprotein1drop
228-30 %dioxane1reservoir
312 %MPD1reservoir
40.12 M1reservoirMgCl2
50.04 M1reservoirNaCl
60.1 MTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9023 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9023 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 53563 / Num. obs: 53563 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル最高解像度: 2 Å / Rmerge(I) obs: 0.315 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 261441
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: native complex

解像度: 2→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 2700 5.1 %Random
Rwork0.231 ---
all-53498 --
obs-53304 --
原子変位パラメータBiso mean: 27.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5205 0 72 145 5422
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.308
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5.1 % / Rfactor obs: 0.231
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 27.1 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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