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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jdy | ||||||
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タイトル | RABBIT MUSCLE PHOSPHOGLUCOMUTASE | ||||||
![]() | PHOSPHOGLUCOMUTASE | ||||||
![]() | PHOSPHOTRANSFERASE / PHOSPHOGLUCOMUTASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() phosphoglucomutase (alpha-D-glucose-1,6-bisphosphate-dependent) / phosphoglucomutase activity / sarcoplasmic reticulum / glucose metabolic process / magnesium ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Ray Junior, W.J. / Baranidharan, S. / Liu, Y. | ||||||
![]() | #1: ![]() タイトル: Structural Changes at the Metal Ion Binding Site During the Phosphoglucomutase Reaction 著者: Ray Junior, W.J. / Post, C.B. / Liu, Y. / Rhyu, G.I. #2: ![]() タイトル: The Crystal Structure of Muscle Phosphoglucomutase Refined at 2.7-Angstrom Resolution 著者: Dai, J.B. / Liu, Y. / Ray Junior, W.J. / Konno, M. #3: ![]() タイトル: The Catalytic Activity of Muscle Phosphoglucomutase in the Crystalline Phase 著者: Ray Junior, W.J. #4: ![]() タイトル: The Structure of Rabbit Muscle Phosphoglucomutase at Intermediate Resolution 著者: Lin, Z. / Konno, M. / Abad-Zapatero, C. / Wierenga, R. / Murthy, M.R. / Ray Junior, W.J. / Rossmann, M.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 227.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 185.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3pmgS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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詳細 | THERE ARE TWO MONOMER COPIES PER ASYMMETRIC UNIT ALONG THE 4(1) SCREW AXIS. MONOMER A IS THE FIRST ENCOUNTERED IN AN ASYMMETRIC UNIT AS ONE MOVES CLOCKWISE ALONG A SCREW AXIS. AMINO ACID RESIDUES IN MONOMERS A AND ARE DISTINGUISHED BY THE CHAIN IDENTIFIERS *A* AND *B*, RESPECTIVELY. THE MONOMER CAN BE SUBDIVIDED INTO FOUR SEQUENCE DOMAINS. DOMAINS 1, 2, 3 IN MONOMER 1 AND MONOMER 2 ARE RELATED BY A ROTATION MATRIX GIVEN AS MTRIX1. DOMAIN 4 IN MONOMER 1 AND MONOMER 2 ARE RELATED BY A DIFFERENT ROTATION MATRIX GIVEN AS MTRIX2. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 61579.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P00949, phosphoglucomutase (alpha-D-glucose-1,6-bisphosphate-dependent) #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % |
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結晶化 | pH: 6.4 / 詳細: pH 6.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 289 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年1月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 45891 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.15 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: モデル精密化 開始モデル: PDB ENTRY 3PMG 解像度: 2.7→6 Å / σ(F): 2 詳細: THE MODEL CONTAINS TEN RESIDUES, OUT OF 1122, THAT FALL IN THE GENEROUSLY ALLOWED REGION OF A RAMACHANDRAN PLOT AS DEFINED IN PROCHECK AND TWO RESIDUES IN THE DISALLOWED REGION. THE TWO ...詳細: THE MODEL CONTAINS TEN RESIDUES, OUT OF 1122, THAT FALL IN THE GENEROUSLY ALLOWED REGION OF A RAMACHANDRAN PLOT AS DEFINED IN PROCHECK AND TWO RESIDUES IN THE DISALLOWED REGION. THE TWO RESIDUES IN THE DISALLOWED REGION ARE GLU A 431 AND ASN B 461.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 34.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→6 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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