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- PDB-1jcl: OBSERVATION OF COVALENT INTERMEDIATES IN AN ENZYME MECHANISM AT A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jcl
タイトルOBSERVATION OF COVALENT INTERMEDIATES IN AN ENZYME MECHANISM AT ATOMIC RESOLUTION
要素DEOXYRIBOSE-PHOSPHATE ALDOLASE
キーワードLYASE / alpha-beta TIM barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyribose phosphate catabolic process / deoxyribose-phosphate aldolase / deoxyribose-phosphate aldolase activity / deoxyribonucleotide catabolic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / carbohydrate catabolic process / lyase activity / DNA damage response / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Deoxyribose-phosphate aldolase type II / Deoxyribose-phosphate aldolase / DeoC/LacD family aldolase / DeoC/FbaB/LacD aldolase / DeoC/LacD family aldolase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-HYDROXY-PENTANE-3,4-DIOL-5-PHOSPHATE / Deoxyribose-phosphate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.05 Å
データ登録者Heine, A. / DeSantis, G. / Luz, J.G. / Mitchell, M. / Wong, C.-H. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2001
タイトル: Observation of covalent intermediates in an enzyme mechanism at atomic resolution.
著者: Heine, A. / DeSantis, G. / Luz, J.G. / Mitchell, M. / Wong, C.H. / Wilson, I.A.
履歴
登録2001年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DEOXYRIBOSE-PHOSPHATE ALDOLASE
B: DEOXYRIBOSE-PHOSPHATE ALDOLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2464
ポリマ－55,8142
非ポリマー4322
水12,755708
1
A: DEOXYRIBOSE-PHOSPHATE ALDOLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1232
ポリマ－27,9071
非ポリマー2161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DEOXYRIBOSE-PHOSPHATE ALDOLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1232
ポリマ－27,9071
非ポリマー2161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.54, 41.95, 144.98
Angle α, β, γ (deg.)90, 98.36, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 DEOXYRIBOSE-PHOSPHATE ALDOLASE / PHOSPHODEOXYRIBOALDOLASE / DEOXYRIBOALDOLASE


分子量: 27906.963 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6L0, deoxyribose-phosphate aldolase
#2: 化合物 ChemComp-HPD / 1-HYDROXY-PENTANE-3,4-DIOL-5-PHOSPHATE / OPEN FORM OF 2'-DEOXY-RIBOFURANOSE-5'-PHOSPHATE


分子量: 216.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H13O7P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 708 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.98 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: MPEG 5000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110-15 mg/mlenzyme11
213-18 %MPEG500012
30.1 Mcacodylate12
415-20 %glycerol12

-
データ収集

回折平均測定温度: 97 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.05→30 Å / Num. all: 256887 / Num. obs: 256887 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 2.5 % / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 1.05→1.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Rsym value: 0.667 / % possible all: 64
反射
*PLUS
Num. measured all: 638223 / Rmerge(I) obs: 0.063
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 64 % / Rmerge(I) obs: 0.667

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: native DERA

解像度: 1.05→10 Å / Num. parameters: 40900 / Num. restraintsaints: 48367 / 交差検証法: R-free / σ(F): 4 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.169 12716 5 %random
obs0.143 179570 90.8 %-
all-243963 --
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201
Refine analyzeNum. disordered residues: 7
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.05→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3808 0 26 708 4542
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.089
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.093
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.119
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.047
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.105
LS精密化 シェル解像度: 1.05→10 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.169 12716
Rwork0.143 -
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor all: 0.143 / Rfactor Rwork: 0.143
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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