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- PDB-1jch: Crystal Structure of Colicin E3 in Complex with its Immunity Protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jch
タイトルCrystal Structure of Colicin E3 in Complex with its Immunity Protein
要素
  • COLICIN E3
  • COLICIN E3 IMMUNITY PROTEIN
キーワードRIBOSOME INHIBITOR / HYDROLASE / TRANSLOCATION DOMAIN IS A BETA-JELLYROLL / THE RECEPTOR-BINDING DOMAIN IS A COILED COIL / THE RNASE DOMAIN IS A SIX-STRANDED ANTIPARALLEL BETA-SHEET. THE IMMUNITY PROTEIN IS A FOUR-STRANDED ANTIPARALLEL BETA SHEET FLANKED BY 3 HELICES ON ONE SIDE OF THE SHEET
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of ion transmembrane transporter activity / extrachromosomal circular DNA / bacteriocin immunity / toxic substance binding / ribosome binding / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / endonuclease activity / killing of cells of another organism / transmembrane transporter binding / tRNA binding ...negative regulation of ion transmembrane transporter activity / extrachromosomal circular DNA / bacteriocin immunity / toxic substance binding / ribosome binding / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / endonuclease activity / killing of cells of another organism / transmembrane transporter binding / tRNA binding / rRNA binding / defense response to bacterium / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins / Colicin E3-like ribonuclease domain / Ribonuclease domain of colicin e3 (Residues 456-551) / Cloacin immunity protein / Cloacin immunity protein family / Cloacin immunity protein superfamily / Cloacin immunity protein / Colicin E3-like ribonuclease domain / Colicin E3-like ribonuclease domain superfamily / Cytotoxic ...Helix Hairpins / Colicin E3-like ribonuclease domain / Ribonuclease domain of colicin e3 (Residues 456-551) / Cloacin immunity protein / Cloacin immunity protein family / Cloacin immunity protein superfamily / Cloacin immunity protein / Colicin E3-like ribonuclease domain / Colicin E3-like ribonuclease domain superfamily / Cytotoxic / S-type Pyocin / Colicin, receptor domain / Coiled-coil receptor-binding R-domain of colicin E2 / Cloacin colicin family / Colicin-like bacteriocin tRNase domain / Pyosin/cloacin translocation domain / Pyosin/cloacin translocation domain superfamily / Chitinase A; domain 3 / Helix Hairpins / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Colicin E3 / Colicin E3 immunity protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli str. K12 substr. (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Soelaiman, S. / Jakes, K. / Wu, N. / Li, C. / Shoham, M.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of colicin E3: implications for cell entry and ribosome inactivation.
著者: Soelaiman, S. / Jakes, K. / Wu, N. / Li, C. / Shoham, M.
履歴
登録2001年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_remark / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_remark.text / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300 BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 ... BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 BIOLOGICAL UNITS. THE FIRST BIOLOGICAL UNIT CONTAINS PROTEIN CHAINS A+B AND HETGROUPS CIT 601 AND 602, GOL 701 AND 702 AND HOH RESIDUES NOT STARTING WITH A PREFIX 5000. THE SECOND BIOLOGICAL UNIT CONTAINS PROTEIN CHAINS C+D AND HETGROUPS CIT 5601 AND 5602, GOL 5701 AND 5702 AND HOH RESIDUES STARTING WITH A PREFIX 5000.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COLICIN E3
B: COLICIN E3 IMMUNITY PROTEIN
C: COLICIN E3
D: COLICIN E3 IMMUNITY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,78212
ポリマ－135,6454
非ポリマー1,1378
水7,134396
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: COLICIN E3
B: COLICIN E3 IMMUNITY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3916
ポリマ－67,8232
非ポリマー5684
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5050 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area29470 Å2
手法PISA
3
C: COLICIN E3
D: COLICIN E3 IMMUNITY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3916
ポリマ－67,8232
非ポリマー5684
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5060 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area29450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.986, 195.733, 85.124
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.22, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.99997, 0.00024, 0.00756), (-0.00024, -1, -0.00042), (0.00756, -0.00042, 0.99997)33.34507, 148.82249, -0.00929
詳細COLICIN E3 FORMS A DIMER IN SOLUTION AS WELL AS IN THE CRYSTALLINE STATE. THE SECOND MOLECULE IN THE ASYMMETRIC UNIT CAN BE GENERATED BY THE FOLLOWING MATRIX: -0.99997 0.00024 0.00756, -0.00024 -1.00000 -0.00042, 0.00756 -0.00042 0.99997, AND TRANSLATION VECTOR IN ANGSTROMS: 33.345 148.822 -0.009

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要素

#1: タンパク質 COLICIN E3 / E.C.3.1.21.- / RIBONUCLEASE / COLICIN E3 A CHAIN


分子量: 58043.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli str. K12 substr. (大腸菌)
生物種: Escherichia coli / 株: W3110 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli
発現宿主: Escherichia coli str. K12 substr. W3110 (大腸菌)
株 (発現宿主): W3110
参照: UniProt: P00646, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ
#2: タンパク質 COLICIN E3 IMMUNITY PROTEIN / IMME3 / MICROCIN E3 IMMUNITY PROTEIN / COLICIN E3 CHAIN B / immunity protein 2


分子量: 9779.565 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli str. K12 substr. (大腸菌)
生物種: Escherichia coli / 株: W3110 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli
発現宿主: Escherichia coli str. K12 substr. W3110 (大腸菌)
株 (発現宿主): W3110 / 参照: UniProt: P02984
#3: 化合物
ChemComp-CIT / CITRIC ACID


分子量: 192.124 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: SODIUM CITRATE, CADMIUM ACETATE, ph 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
濃度: 1 M / 一般名: sodium citrate / 詳細: pH5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1.037 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年11月19日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.037 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.02→20 Å / Num. all: 37014 / Num. obs: 37014 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 70.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.197 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 3509 / % possible all: 86.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3.02→20.17 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 2270567.39 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 1127 3 %RANDOM
Rwork0.237 ---
all0.237 37014 --
obs0.237 37014 94.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 64.5511 Å2 / ksol: 0.26419 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 74.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.48 Å20 Å28.68 Å2
2---8.29 Å20 Å2
3---1.82 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.53 Å0.42 Å
Luzzati d res low-10 Å
Luzzati sigma a0.56 Å0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.02→20.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8526 0 76 396 8998
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.41
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it11.061.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it15.832
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it16.322
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it20.872.5
LS精密化 シェル解像度: 3→3.14 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 80 2.6 %
Rwork0.323 2973 -
obs-2973 60.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3CIT.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMCIT.TOP
X-RAY DIFFRACTION5GLYCEROL.PARAMGLYCEROL.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 3 % / Rfactor obs: 0.233 / Rfactor Rfree: 0.282
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 74.7 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.41
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it11.061.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it16.322
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it15.832
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it20.872.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.297 / % reflection Rfree: 2.6 % / Rfactor Rwork: 0.323

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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