PDB-1jcf: MREB FROM THERMOTOGA MARITIMA, TRIGONAL

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1jcf

タイトル

MREB FROM THERMOTOGA MARITIMA, TRIGONAL

要素

ROD SHAPE-DETERMINING PROTEIN MREB

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / MreB / rod-shape determining / Mbl / actin / hsp-70 / FtsZ

機能・相同性

機能・相同性情報

cell morphogenesis / regulation of cell shape / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

van den Ent, F. / Amos, L.A. / Lowe, J.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2001
タイトル: Prokaryotic origin of the actin cytoskeleton.
著者: van den Ent, F. / Amos, L.A. / Lowe, J.

履歴

登録	2001年6月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2001年9月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1jcf.cif.gz	82 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1jcf.ent.gz	60.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1jcf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/1jcf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/1jcf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1jceSC 1jcgC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4k41-d 2q0r-d 1ijj-1 3qqv-d 4k43-1 1nwk-d 3m6g-3 3hbt-d 2fxu-d 2asm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ROD SHAPE-DETERMINING PROTEIN MREB

36.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.100, 51.100, 292.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

詳細

Crystal packing generates one-dimensional filaments alon a and b, similar to one strand in F-actin (protofilament)

#1: タンパク質	ROD SHAPE-DETERMINING PROTEIN MREB 分子量: 36799.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: TM0588 / プラスミド: PHIS17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q9WZ57
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.98 %

結晶化

*PLUS

温度: 19 ℃ / pH: 10.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式
1	10 %	PEG8000	1	reservoir
2	200 mM		1	reservoir	NaCl
3	0.1 M	CAPS	1	reservoir
4	8 mg/ml	protein	1	drop

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月8日
放射	モノクロメーター: double / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 27249 / Num. obs: 26139 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 25 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 13.7
反射シェル	解像度: 2.09→2.2 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.115 / % possible all: 92.4
反射	PLUS R_merge(I) obs*: 0.06

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SOLVE		位相決定
CNS	1	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JCE

1jce

解像度: 2.1→50 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0
立体化学のターゲット値: CNS 1.0, protein_rep.param

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2404	1311	5.015 %	random
R_work	0.1937	-	-	-
all	0.1937	27249	-	-
obs	0.1937	26139	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2507	0	0	318	2825

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.264

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 50 Å / σ(F): 0

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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