[日本語] English
万見
- PDB-1jbg: Crystal Structure of MtaN, the Bacillus subtilis Multidrug Transp... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jbg
タイトルCrystal Structure of MtaN, the Bacillus subtilis Multidrug Transporter Activator, N-terminus
要素transcription activator of multidrug-efflux transporter genes mta
キーワードTRANSCRIPTION / winged helix-turn-helix / antiparallel coiled-coil
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TipA-like multidrug resistance regulator, antibiotic-recognition domain / TipAS antibiotic-recognition domain / TipAS antibiotic-recognition domain / MerR, DNA binding / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 - #10 / MerR family regulatory protein / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / : / MerR HTH family regulatory protein / MerR-type HTH domain profile. ...TipA-like multidrug resistance regulator, antibiotic-recognition domain / TipAS antibiotic-recognition domain / TipAS antibiotic-recognition domain / MerR, DNA binding / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 - #10 / MerR family regulatory protein / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / : / MerR HTH family regulatory protein / MerR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, mercury resistance / MerR-type HTH domain / Putative DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH-type transcriptional activator mta
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Godsey, M.H. / Neyfakh, A.A. / Brennan, R.G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of MtaN, a global multidrug transporter gene activator.
著者: Godsey, M.H. / Baranova, N.N. / Neyfakh, A.A. / Brennan, R.G.
履歴
登録2001年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: transcription activator of multidrug-efflux transporter genes mta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8621
ポリマ－12,8621
非ポリマー00
水28816
1
A: transcription activator of multidrug-efflux transporter genes mta

A: transcription activator of multidrug-efflux transporter genes mta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7242
ポリマ－25,7242
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_665-x+1,-y+3/2,z1
Buried area2060 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area13540 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)49.382, 67.838, 115.005
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
詳細The other half of the biological assembly is generated by: -X+1, 1/2-Y+1, Z.

-
要素

#1: タンパク質 transcription activator of multidrug-efflux transporter genes mta


分子量: 12861.807 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminus (Residues 1-109) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / プラスミド: PBAD-MYC-HIS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LMG194 / 参照: UniProt: P71039
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.14 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: lithium chloride, magnesium chloride, HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
詳細: Godsey, M., (2000) Acta Crystallogr., D56, 1456.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
111 mg/mlprotein1drop
23.77 M1reservoirLiCl
350 mMHEPES1reservoirpH7.0
410 mM1reservoirMgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年12月13日
放射モノクロメーター: 58 cm long, Pt-coated, fused silica, vertical focus mirror; Cyclindrically bent triangular Si(111) asymmetric cut, horizontal focus monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→23.3 Å / Num. all: 5246 / Num. obs: 5199 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 121.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.75→2.82 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.271 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 377 / Rsym value: 0.271 / % possible all: 99
反射
*PLUS
% possible obs: 99.3 % / Num. measured all: 42297
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.75→23.33 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Data cutoff high absF: 157528.71 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC, RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2867 261 5.4 %RANDOM
Rwork0.2277 ---
all0.2311 4812 --
obs0.2311 4812 91 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.17 Å2 / ksol: 0.326 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 81.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.3 Å20 Å20 Å2
2--45.44 Å20 Å2
3----40.13 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.56 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.62 Å0.57 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→23.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数861 0 0 16 877
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.73
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.121.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.72
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.842
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.822.5
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.088 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.527 36 5.2 %
Rwork0.4 654 -
obs--80.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 25 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.4 % / Rfactor obs: 0.228
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 81.6 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg20.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.73
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.121.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.842
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.72
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.822.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.527 / % reflection Rfree: 5.2 % / Rfactor Rwork: 0.4

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る