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- PDB-1jbb: Ubiquitin Conjugating Enzyme, Ubc13 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jbb
タイトルUbiquitin Conjugating Enzyme, Ubc13
要素ubiquitin conjugating enzyme E2-17.5 KDA
キーワードLIGASE / UBIQUITIN / UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME / E2
機能・相同性
機能・相同性情報


protein targeting to vacuolar membrane / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Interleukin-1 signaling / Aggrephagy / ubiquitin conjugating enzyme complex / free ubiquitin chain polymerization / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / fungal-type vacuole membrane / postreplication repair ...protein targeting to vacuolar membrane / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Interleukin-1 signaling / Aggrephagy / ubiquitin conjugating enzyme complex / free ubiquitin chain polymerization / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / fungal-type vacuole membrane / postreplication repair / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / protein K63-linked ubiquitination / protein polyubiquitination / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 13
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者VanDemark, A.P. / Hofmann, R.M. / Tsui, C. / Pickart, C.M. / Wolberger, C.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2001
タイトル: Molecular insights into polyubiquitin chain assembly: crystal structure of the Mms2/Ubc13 heterodimer.
著者: VanDemark, A.P. / Hofmann, R.M. / Tsui, C. / Pickart, C.M. / Wolberger, C.
履歴
登録2001年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ubiquitin conjugating enzyme E2-17.5 KDA
B: ubiquitin conjugating enzyme E2-17.5 KDA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9802
ポリマ－34,9802
非ポリマー00
水2,360131
1
A: ubiquitin conjugating enzyme E2-17.5 KDA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4901
ポリマ－17,4901
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ubiquitin conjugating enzyme E2-17.5 KDA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4901
ポリマ－17,4901
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)25.960, 129.390, 42.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ubiquitin conjugating enzyme E2-17.5 KDA


分子量: 17489.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
解説: GST-fusion / 遺伝子: Ubc13 / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21pJY2 / 参照: UniProt: P52490, ubiquitin-protein ligase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.88 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 5000-MME, ammonium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
112 mg/mlprotein1drop
210 mMHEPES1drop
310 mM1dropNaCl
45 mMdithiothreitol1drop
530 %PEG5000 MME1reservoir
6200 mMammonium sulfate1reservoir
750 mMMES1reservoir
82 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年7月30日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 17787 / Num. obs: 17787 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 20.099 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 27.8
反射 シェル解像度: 2→2.09 Å / Rmerge(I) obs: 0.223 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 1937 / % possible all: 83.2
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 55421
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83.2 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
MOLREP位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1QCQ truncated to ALAs

1qcq


解像度: 2→40 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2547 913 random
Rwork0.183 --
all-17787 -
obs-17787 -
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.15 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2344 0 0 131 2475
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008563
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.51586
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
LS精密化 シェル解像度: 2→2.09 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 125 -
Rwork0.2293 --
obs-1957 83.2 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 40 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.188
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.268

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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