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- PDB-1jb9: Crystal Structure of The Ferredoxin:NADP+ Reductase From Maize Ro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jb9
タイトルCrystal Structure of The Ferredoxin:NADP+ Reductase From Maize Root AT 1.7 Angstroms
要素ferredoxin-NADP reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, heme protein as acceptor / ferredoxin-NADP+ reductase / NADPH dehydrogenase activity / ferredoxin-NADP+ reductase activity / NADPH binding / photosynthesis / electron transport chain / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin--NADP reductase, plant and Cyanobacteria type / Ferredoxin--NADP reductase / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain ...Ferredoxin--NADP reductase, plant and Cyanobacteria type / Ferredoxin--NADP reductase / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / ferredoxin--NADP(+) reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Faber, H.R. / Karplus, P.A. / Aliverti, A. / Ferioli, C. / Spinola, M.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Biochemical and crystallographic characterization of ferredoxin-NADP(+) reductase from nonphotosynthetic tissues.
著者: Aliverti, A. / Faber, R. / Finnerty, C.M. / Ferioli, C. / Pandini, V. / Negri, A. / Karplus, P.A. / Zanetti, G.
#1: ジャーナル: FLAVINS AND FLAVOPROTEINS / 年: 1999
タイトル: Structural and Functional Properties of Corn Root Ferredoxin:NADP+ Reductase
著者: Aliverti, A. / Ferioli, C. / Spinola, M. / Raimondi, D. / Zanetti, G. / Finnerty, C. / Faber, R. / Karplus, P.A.
履歴
登録2001年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年7月11日Group: Database references
改定 1.42014年3月26日Group: Database references
改定 1.52017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.62023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.72024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ferredoxin-NADP reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1482
ポリマ－35,3621
非ポリマー7861
水4,972276
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.670, 59.670, 189.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 ferredoxin-NADP reductase


分子量: 35361.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q41736, ferredoxin-NADP+ reductase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.21 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: Peg 8000, Na Cacodylate, Mg Acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
125 mg/mlprotein1drop
210 mMHEPES1droppH7.0
320 %PEG80001reservoir
40.1 Msodium cacodylate1reservoirpH6.5
50.2 Mmagnesium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年3月1日 / 詳細: Yale Mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. all: 47556 / Num. obs: 47556 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 1.7→50 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.294 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 96.1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 43654 / % possible obs: 99.1 % / Num. measured all: 246386 / Rmerge(I) obs: 0.068
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.6 % / Rmerge(I) obs: 0.364

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解析

ソフトウェア
名称分類
SCALEPACKデータスケーリング
MRXモデル構築
TNT精密化
MRX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Modified 1FNB

1fnb


解像度: 1.7→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 4757 -Random
Rwork0.164 ---
all0.167 43687 --
obs0.167 43687 10 %-
溶媒の処理Bsol: 227.851 Å2 / ksol: 0.78246 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.17 Å21.17 Å20 Å2
2--1.17 Å20 Å2
3----2.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2423 0 53 276 2752
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.0670.93432
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0131.72546
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d17.9101481
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.016262
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0195360
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.0251015
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor all: 0.167 / Rfactor obs: 0.164 / Rfactor Rfree: 0.223
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d17.91
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.019

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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