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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jb8 | ||||||
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タイトル | The Crystal Structure of an RNA/DNA Hybrid Reveals Novel Intermolecular Intercalation | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA/RNA / DNA/DNA intercalation / RNA/DNA hybrid / RNA/DNA polypurine tract / DNA-RNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | DNA / RNA 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å | ||||||
データ登録者 | Han, G.W. / Kopka, M.L. / Langs, D. / Dickerson, R.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003 タイトル: Crystal structure of an RNADNA hybrid reveals intermolecular intercalation: Dimer formation by base-pair swapping 著者: Han, G.W. / Kopka, M.L. / Langs, D. / Sawaya, M.R. / Dickerson, R.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jb8.cif.gz | 21.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jb8.ent.gz | 13.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jb8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1jb8_validation.pdf.gz | 388.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1jb8_full_validation.pdf.gz | 388.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1jb8_validation.xml.gz | 3.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1jb8_validation.cif.gz | 4.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/1jb8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/1jb8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 3255.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA/DNA hybrid of PPT sequence of HIV |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 2991.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: Synthesized by the solid-phase phosphoramidate method on an Eppendorf ECOSYN D300 Synthesizer. |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.24 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: MPD, magnesium acetate, spermidine, Na cacodylate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS pH: 5.8 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年8月15日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.38→10 Å / Num. all: 18386 / Num. obs: 2814 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.053 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.78 / % possible all: 96.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: P2(1)2(1)2(1) structure of the same sequence of RNA/DNA hybrid 解像度: 2.38→10 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.38→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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