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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jat | ||||||
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タイトル | Mms2/Ubc13 Ubiquitin Conjugating Enzyme Complex | ||||||
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![]() | LIGASE / ubiquitin / ubiquitin-conjugating enzyme / E2 / UEV | ||||||
機能・相同性 | ![]() protein targeting to vacuolar membrane / Interleukin-1 signaling / Aggrephagy / ubiquitin conjugating enzyme complex / free ubiquitin chain polymerization / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / fungal-type vacuole membrane / postreplication repair / E2 ubiquitin-conjugating enzyme ...protein targeting to vacuolar membrane / Interleukin-1 signaling / Aggrephagy / ubiquitin conjugating enzyme complex / free ubiquitin chain polymerization / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / fungal-type vacuole membrane / postreplication repair / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ligase activity / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein K63-linked ubiquitination / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / protein polyubiquitination / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | VanDemark, A.P. / Hofmann, R.M. / Tsui, C. / Pickart, C.M. / Wolberger, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Molecular insights into polyubiquitin chain assembly: crystal structure of the Mms2/Ubc13 heterodimer. 著者: VanDemark, A.P. / Hofmann, R.M. / Tsui, C. / Pickart, C.M. / Wolberger, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 75.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 56.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 433.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 437.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17573.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Ubc13 / プラスミド: pGEX / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 15703.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Mms2 / プラスミド: pET16b / 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.81 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 1000, Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年8月30日 |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9115 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→20 Å / Num. all: 36093 / Num. obs: 36093 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 22.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 23 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.359 / % possible all: 97.9 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 185078 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.9 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: flat model / Bsol: 66.7178 Å2 / ksol: 0.423792 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→19.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.67 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.203 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 28.6 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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