+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jao | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | COMPLEX OF 3-MERCAPTO-2-BENZYLPROPANOYL-ALA-GLY-NH2 WITH THE CATALYTIC DOMAIN OF MATRIX METALLO PROTEINASE-8 (MET80 FORM) | ||||||
![]() | MATRIX METALLO PROTEINASE-8 (MET80 FORM) | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / METALLOPROTEASE / ZINC-ENDOPEPTIDASE / METZINCINS / hydrolase-hydrolase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() neutrophil collagenase / tumor necrosis factor binding / positive regulation of microglial cell activation / positive regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Activation of Matrix Metalloproteinases / endodermal cell differentiation / Collagen degradation / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly ...neutrophil collagenase / tumor necrosis factor binding / positive regulation of microglial cell activation / positive regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Activation of Matrix Metalloproteinases / endodermal cell differentiation / Collagen degradation / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix organization / metalloendopeptidase activity / specific granule lumen / positive regulation of tumor necrosis factor production / tertiary granule lumen / peptidase activity / cellular response to lipopolysaccharide / collagen-containing extracellular matrix / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Grams, F. / Reinemer, P. / Powers, J.C. / Kleine, T. / Piper, M. / Tschesche, H. / Huber, R. / Bode, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-ray structures of human neutrophil collagenase complexed with peptide hydroxamate and peptide thiol inhibitors. Implications for substrate binding and rational drug design. 著者: Grams, F. / Reinemer, P. / Powers, J.C. / Kleine, T. / Pieper, M. / Tschesche, H. / Huber, R. / Bode, W. #1: ![]() タイトル: The X-Ray Crystal Structure of the Catalytic Domain of Human Neutrophil Collagenase Inhibited by a Substrate Analogue Reveals the Essentials for Catalysis and Specificity 著者: Bode, W. / Reinemer, P. / Huber, R. / Kleine, T. / Schnierer, S. / Tschesche, H. #2: ![]() タイトル: Structural Implications for the Role of the N Terminus in the 'Superactivation' of Collagenases. A Crystallographic Study 著者: Reinemer, P. / Grams, F. / Huber, R. / Kleine, T. / Schnierer, S. / Piper, M. / Tschesche, H. / Bode, W. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 57.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 41.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 429.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 431.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18111.744 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 80 - 242 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: MMP-8 IS IDENTICAL TO THE HUMAN NEUTROPHIL COLLAGENASE 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-0D3 / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
---|---|
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 6429 / % possible obs: 92.8 % / Rmerge(I) obs: 0.129 |
反射 | *PLUS Num. all: 20050 / Num. measured all: 20226 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 2.46 Å / % possible obs: 88 % |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.4→8 Å / σ(F): 0 /
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.43 Å / Rfactor Rwork: 0.254 |