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- PDB-1jak: Streptomyces plicatus beta-N-acetylhexosaminidase in Complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jak
タイトルStreptomyces plicatus beta-N-acetylhexosaminidase in Complex with (2R,3R,4S,5R)-2-acetamido-3,4-dihydroxy-5-hydroxymethyl-piperidinium chloride (IFG)
要素Beta-N-acetylhexosaminidase
キーワードHYDROLASE / glycoside hydrolase / family 20 / Beta-N-acetylhexosaminidase / substrate-assisted catalysis / alpha/beta barrel / isofagomine inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Ca2+ activated K+ channels / glycosaminoglycan metabolic process / beta-N-acetylhexosaminidase activity / calcium-activated potassium channel activity / beta-N-acetylhexosaminidase / ion channel inhibitor activity / cGMP effects / action potential / detection of calcium ion / potassium channel regulator activity ...Ca2+ activated K+ channels / glycosaminoglycan metabolic process / beta-N-acetylhexosaminidase activity / calcium-activated potassium channel activity / beta-N-acetylhexosaminidase / ion channel inhibitor activity / cGMP effects / action potential / detection of calcium ion / potassium channel regulator activity / regulation of vasoconstriction / neuronal action potential / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transport / carbohydrate metabolic process / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
KCNMB2, ball/chain domain / KCNMB2, ball/chain domain superfamily / KCNMB2, ball and chain domain / Potassium channel, calcium-activated, BK, beta subunit / Calcium-activated potassium channel, beta subunit / Beta-hexosaminidase / Glycoside hydrolase family 20, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like / Beta-hexosaminidase, bacterial type, N-terminal ...KCNMB2, ball/chain domain / KCNMB2, ball/chain domain superfamily / KCNMB2, ball and chain domain / Potassium channel, calcium-activated, BK, beta subunit / Calcium-activated potassium channel, beta subunit / Beta-hexosaminidase / Glycoside hydrolase family 20, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like / Beta-hexosaminidase, bacterial type, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 20, domain 2 / Chitobiase; domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IFG / beta-N-acetylhexosaminidase / Calcium-activated potassium channel subunit beta-2
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces plicatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Mark, B.L. / Vocadlo, D.J. / Zhao, D. / Knapp, S. / Withers, S.G. / James, M.N.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Biochemical and structural assessment of the 1-N-azasugar GalNAc-isofagomine as a potent family 20 beta-N-acetylhexosaminidase inhibitor.
著者: Mark, B.L. / Vocadlo, D.J. / Zhao, D. / Knapp, S. / Withers, S.G. / James, M.N.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Crystallographic Evidence for Substrate-assisted Catalysis in a Bacterial beta-hexosaminidase
著者: Mark, B.L. / Vocadlo, D.J. / Knapp, S. / Triggs-Raine, B.L. / Withers, S.G. / James, M.N.
履歴
登録2001年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02023年8月16日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-N-acetylhexosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8109
ポリマ－56,1271
非ポリマー6838
水9,530529
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)132.767, 132.767, 177.024
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-608-

CL

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Beta-N-acetylhexosaminidase


分子量: 56126.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces plicatus (バクテリア)
プラスミド: p3AHEX-1.8 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3)
参照: UniProt: Q9Y691, UniProt: O85361*PLUS, beta-N-acetylhexosaminidase

-
非ポリマー , 5種, 537分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-IFG / (2R,3R,4S,5R)-2-ACETAMIDO-3,4-DIHYDROXY-5-HYDROXYMETHYL-PIPERIDINE


分子量: 204.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H16N2O4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 529 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.32 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: Ammonium sulphate, Tri-sodium citrate, Sodium Chloride, glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
pH: 5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
150 mMtri-sodium citrate1droppH5.0
2300 mM1dropNaCl
310 mg/mlprotein1drop
42.1 Mammonium sulfate1reservoir
5100 mMtri-sodium citrate1reservoirpH6.0
620 %glycerol1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年11月16日
放射モノクロメーター: single crystal Si(331) bent monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→44.1 Å / Num. all: 92286 / Num. obs: 92238 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 12.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 36.2
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Mean I/σ(I) obs: 10.9 / Num. unique all: 4366 / % possible all: 95.7
反射
*PLUS
最低解像度: 100 Å / Num. obs: 92286 / Num. measured all: 1013193
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.7 % / Num. unique obs: 4366

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1HP4

1hp4


解像度: 1.75→44.1 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 3274409.67 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.192 9315 10.1 %RANDOM
Rwork0.176 ---
all0.176 92238 --
obs0.176 92238 99.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.1 Å2 / ksol: 0.391 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 14.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å21.34 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.02 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.19 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.08 Å0.06 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→44.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3864 0 40 529 4433
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.921.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.372
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.672
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.482.5
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.204 1485 10 %
Rwork0.184 13301 -
obs-4366 97.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2IFG_GOL.PARAMIFG_GOL.TOP
X-RAY DIFFRACTION3SPECIAL_POSITION.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5ION.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 100 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.1 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 14.4 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0047
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.34
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.85
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.204 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.184

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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