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- PDB-1jaf: CRYSTAL STRUCTURE OF CYTOCHROME C' FROM RHODOCYCLUS GELATINOSUS A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jaf
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF CYTOCHROME C' FROM RHODOCYCLUS GELATINOSUS AT 2.5 ANGSTOMS RESOLUTION
要素CYTOCHROME C'
キーワードELECTRON TRANSPORT / HEME PROTEIN / CYTOCHROME C'
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c prime, subgroup / Cytochrome c, class II / Cytochrome c prime / Cytochrome C' / Cytochrome c class II profile. / Cytochrome c/b562 / Cytochrome c/b562 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome c'
類似検索 - 構成要素
生物種Rubrivivax gelatinosus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Archer, M. / Banci, L. / Dikaya, E. / Romao, M.J.
引用
ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 1997
タイトル: Crystal Structure of Cytochrome C' from Rhodocyclus Gelatinosus and Comparison with Other Cytochromes C'
著者: Archer, M. / Banci, L. / Dikaya, E. / Romao, M.J.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993
タイトル: One-and Two-Dimensional NMR Characterization of Oxidized and Reduced Cytochrome C' from Rhodocyclus Gelatinosus
著者: Bertini, I. / Gori, G. / Luchinat, C. / Vila, A.J.
履歴
登録1997年6月24日処理サイト: BNL
改定 1.01998年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME C'
B: CYTOCHROME C'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8394
ポリマ－26,6062
非ポリマー1,2332
水99155
1
A: CYTOCHROME C'
B: CYTOCHROME C'
ヘテロ分子

A: CYTOCHROME C'
B: CYTOCHROME C'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6788
ポリマ－53,2124
非ポリマー2,4664
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_556x-y,-y,-z+5/31
単位格子
Length a, b, c (Å)70.180, 70.180, 126.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME C'


分子量: 13303.056 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rubrivivax gelatinosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P00142
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化pH: 6
詳細: 55% SATURATED (NH4)2SO4, 50 MM (NH4)2HPO4, 1 M NACL, pH 6.
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
155 %satammonium sulfate11
250 mMammonium phosphate11
31 M11NaCl
410-20 mg/mlprotein12
550 mMammonium phosphate12

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源タイプ: BRUKER NONIUS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→27.4 Å / Num. obs: 13010 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 47.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.428 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 98.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 96234 / Rmerge(I) obs: 0.112
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.7 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CYTOCHROME C' FROM ALCALIGENES SP (PDB ENTRY 1CGO)

1cgo


解像度: 2.5→27.4 Å / 交差検証法: FREE R / σ(F): 2
詳細: BULK SOLVENT CORRECTION USED (KSOL=0.33, SOLRAD=0.25 A, B=50 A**2).
Rfactor反射数%反射
Rfree0.221 988 7.5 %
Rwork0.179 --
obs0.179 12807 99.3 %
原子変位パラメータBiso mean: 34.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→27.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1876 0 43 56 1975
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.403
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d19.33
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.327
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.59 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 112 -
Rwork0.325 1156 -
obs--98.7 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg19.334
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.327

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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