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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1j97 | ||||||
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タイトル | Phospho-Aspartyl Intermediate Analogue of Phosphoserine phosphatase | ||||||
![]() | Phosphoserine Phosphatase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Phosphoserine phosphatase / PSP / phospho-Aspartyl / Beryllium Fluoride / Structural Genomics / BSGC structure funded by NIH / Protein Structure Initiative / PSI / Berkeley Structural Genomics Center | ||||||
機能・相同性 | ![]() phosphoserine phosphatase / L-phosphoserine phosphatase activity / L-serine biosynthetic process / magnesium ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cho, H. / Wang, W. / Kim, R. / Yokota, H. / Damo, S. / Kim, S.-H. / Wemmer, D. / Kustu, S. / Yan, D. / Berkeley Structural Genomics Center (BSGC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: BeF(3)(-) acts as a phosphate analog in proteins phosphorylated on aspartate: structure of a BeF(3)(-) complex with phosphoserine phosphatase. 著者: Cho, H. / Wang, W. / Kim, R. / Yokota, H. / Damo, S. / Kim, S.-H. / Wemmer, D. / Kustu, S. / Yan, D. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of Phosphoserine Phosphatase from Methanococcus jannaschii, a Hyperthermophile, at 1.8 A Resolution 著者: Wang, W. / Kim, R. / Jancarik, J. / Yokota, H. / Kim, S.-H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 98.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 79.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23699.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pET21a / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.04 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 2K MME, sodium phosphate dihydrate, NaF, BeCl2, MgCl2, sodium actate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 詳細: used microseeding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年5月31日 |
放射 | モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9686 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→20 Å / Num. all: 71630 / Num. obs: 67186 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 14.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 16 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.59 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.248 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 86.5 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 288900 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.18 Å / Luzzati sigma a obs: 0.02 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→15 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 15 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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