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- PDB-1j97: Phospho-Aspartyl Intermediate Analogue of Phosphoserine phosphatase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j97
タイトルPhospho-Aspartyl Intermediate Analogue of Phosphoserine phosphatase
要素Phosphoserine Phosphatase
キーワードHYDROLASE / Phosphoserine phosphatase / PSP / phospho-Aspartyl / Beryllium Fluoride / Structural Genomics / BSGC structure funded by NIH / Protein Structure Initiative / PSI / Berkeley Structural Genomics Center
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoserine phosphatase / L-phosphoserine phosphatase activity / L-serine biosynthetic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphoserine phosphatase; domain 2 / Phosphoserine phosphatase / : / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle ...Phosphoserine phosphatase; domain 2 / Phosphoserine phosphatase / : / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Phosphoserine phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Cho, H. / Wang, W. / Kim, R. / Yokota, H. / Damo, S. / Kim, S.-H. / Wemmer, D. / Kustu, S. / Yan, D. / Berkeley Structural Genomics Center (BSGC)
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: BeF(3)(-) acts as a phosphate analog in proteins phosphorylated on aspartate: structure of a BeF(3)(-) complex with phosphoserine phosphatase.
著者: Cho, H. / Wang, W. / Kim, R. / Yokota, H. / Damo, S. / Kim, S.-H. / Wemmer, D. / Kustu, S. / Yan, D.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Crystal Structure of Phosphoserine Phosphatase from Methanococcus jannaschii, a Hyperthermophile, at 1.8 A Resolution
著者: Wang, W. / Kim, R. / Jancarik, J. / Yokota, H. / Kim, S.-H.
履歴
登録2001年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoserine Phosphatase
B: Phosphoserine Phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6386
ポリマ－47,3992
非ポリマー2394
水7,242402
1
A: Phosphoserine Phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7242
ポリマ－23,7001
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Phosphoserine Phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9144
ポリマ－23,7001
非ポリマー2143
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.836, 69.829, 91.625
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Phosphoserine Phosphatase


分子量: 23699.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)/pSJS1244 / 参照: UniProt: Q58989, phosphoserine phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 402 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.04 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 2K MME, sodium phosphate dihydrate, NaF, BeCl2, MgCl2, sodium actate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
詳細: used microseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
154 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1drop
30.3 M1dropNaCl
41 mMEDTA1drop
510 mMdithiothreitol1drop
654 mM1dropNaF
710.8 mM1dropBeCl2
890 mM1dropMgCl2
90.1 Msodium acetate1reservoir
100.2 Msodium phosphate dihydrate1reservoir
1122 %PEG2000 MME1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年5月31日
放射モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→20 Å / Num. all: 71630 / Num. obs: 67186 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 14.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.248 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 86.5
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 288900

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→15 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.209 6790 10% random
Rwork0.189 --
all0.189 71339 -
obs0.189 66996 -
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.18 Å / Luzzati sigma a obs: 0.02 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3295 0 12 402 3709
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 15 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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