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万見
- PDB-1j8g: X-ray Analysis of a RNA Tetraplex r(uggggu)4 at Ultra-High Resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j8g
タイトルX-ray Analysis of a RNA Tetraplex r(uggggu)4 at Ultra-High Resolution
要素5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3'
キーワードRNA / RNA tetraplex / Sr ions / U tetrad / Octaplex
機能・相同性SPERMINE / STRONTIUM ION / RNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 0.61 Å
データ登録者Deng, J. / Xiong, Y. / Sundaralingam, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: X-ray analysis of an RNA tetraplex (UGGGGU)(4) with divalent Sr(2+) ions at subatomic resolution (0.61 A).
著者: Deng, J. / Xiong, Y. / Sundaralingam, M.
履歴
登録2001年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3'
B: 5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3'
C: 5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3'
D: 5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,86218
ポリマ－7,7934
非ポリマー1,07014
水1,910106
1
A: 5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,55524
ポリマ－7,7934
非ポリマー1,76320
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z1
2
B: 5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3'
ヘテロ分子

B: 5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3'
ヘテロ分子

B: 5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3'
ヘテロ分子

B: 5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,74620
ポリマ－7,7934
非ポリマー95316
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-x+1,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_655-y+3/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_465y-1/2,-x+3/2,z1
3
C: 5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3'
ヘテロ分子

C: 5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3'
ヘテロ分子

C: 5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3'
ヘテロ分子

C: 5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,65416
ポリマ－7,7934
非ポリマー86112
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z1
4
D: 5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3'
ヘテロ分子

D: 5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3'
ヘテロ分子

D: 5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3'
ヘテロ分子

D: 5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,49412
ポリマ－7,7934
非ポリマー7018
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-x+1,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_655-y+3/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_465y-1/2,-x+3/2,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.154, 36.154, 74.134
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-505-

SR

21A-506-

SR

31A-512-

NA

41B-502-

SR

51B-507-

SR

61B-513-

NA

71C-503-

SR

81C-504-

SR

91D-501-

SR

101D-508-

SR

111B-101-

HOH

121C-102-

HOH

131D-131-

HOH

141D-178-

HOH

-
要素

-
RNA鎖 , 1種, 4分子 ABCD

#1: RNA鎖
5'-R(*UP*GP*GP*GP*GP*U)-3'


分子量: 1948.197 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 5種, 120分子

#2: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#3: 化合物
ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン


分子量: 87.620 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 20.87 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20mM Sodium Cacodylate (pH 7.0), 12mM spermine tetrachloride, 20mM MgCl2, 80mM SrCl2, 40mM CaCl2, 35% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Sodium Cacodylate11
2spermine tetrachloride11
3MgCl211
4SrCl211
5CaCl211
6MPD11
結晶化
*PLUS
温度: 293 K
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
140 mMsodium cacodylate1droppH7.0
220 mM1dropMgCl2
312.0 mMspermine chloride1drop
480 mM1dropLiCl
540 mM1dropSrCl2
620 mM1dropCaCl2
710 %(v/v)MPD1drop
835 %MPD1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.61→20 Å / Num. obs: 207845 / % possible obs: 92.9 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 26
反射 シェル解像度: 0.61→0.62 Å / Rmerge(I) obs: 0.339 / % possible all: 61.5
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 61.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2

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解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
SHELXL-97精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 0.61→20 Å
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.112 10452 Thin Cell
Rwork0.103 --
obs-207845 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.61→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 516 31 127 674
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.1032 / Rfactor Rfree: 0.1117
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONs_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONs_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONs_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONs_scangle_it

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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