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万見
- PDB-1j8e: Crystal structure of ligand-binding repeat CR7 from LRP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j8e
タイトルCrystal structure of ligand-binding repeat CR7 from LRP
要素LOW-DENSITY LIPOPROTEIN RECEPTOR-RELATED PROTEIN 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / ligand binding / calcium binding / complement-like repeat / LRP receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-2 macroglobulin receptor activity / apolipoprotein receptor activity / positive regulation of reverse cholesterol transport / positive regulation of transcytosis / positive regulation of lipid transport / lipoprotein particle receptor binding / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / positive regulation of lysosomal protein catabolic process / aorta morphogenesis / amyloid-beta clearance by transcytosis ...alpha-2 macroglobulin receptor activity / apolipoprotein receptor activity / positive regulation of reverse cholesterol transport / positive regulation of transcytosis / positive regulation of lipid transport / lipoprotein particle receptor binding / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / positive regulation of lysosomal protein catabolic process / aorta morphogenesis / amyloid-beta clearance by transcytosis / regulation of extracellular matrix disassembly / clathrin heavy chain binding / negative regulation of smooth muscle cell migration / low-density lipoprotein particle receptor activity / transcytosis / amyloid-beta clearance by cellular catabolic process / regulation of extracellular matrix organization / positive regulation of amyloid-beta clearance / plasma membrane protein complex / heparan sulfate proteoglycan binding / astrocyte activation involved in immune response / apoptotic cell clearance / cargo receptor activity / lysosomal transport / scavenger receptor activity / lipoprotein transport / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / negative regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of SMAD protein signal transduction / amyloid-beta clearance / microtubule organizing center / apolipoprotein binding / positive regulation of endocytosis / positive regulation of cholesterol efflux / phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / retinoid metabolic process / transport across blood-brain barrier / Retinoid metabolism and transport / clathrin-coated pit / receptor-mediated endocytosis / regulation of actin cytoskeleton organization / positive regulation of protein localization to plasma membrane / receptor internalization / lipid metabolic process / cellular response to amyloid-beta / endocytic vesicle membrane / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / basolateral plasma membrane / early endosome / receptor complex / negative regulation of gene expression / lysosomal membrane / focal adhesion / calcium ion binding / protein-containing complex binding / nucleolus / Golgi apparatus / RNA binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF5050 / Domain of unknown function (DUF5050) / Low-density Lipoprotein Receptor / Low-density Lipoprotein Receptor / Complement Clr-like EGF domain / Complement Clr-like EGF-like / : / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat ...Domain of unknown function DUF5050 / Domain of unknown function (DUF5050) / Low-density Lipoprotein Receptor / Low-density Lipoprotein Receptor / Complement Clr-like EGF domain / Complement Clr-like EGF-like / : / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / : / Calcium-binding EGF domain / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
Prolow-density lipoprotein receptor-related protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Simonovic, M. / Dolmer, K. / Huang, W. / Strickland, D.K. / Volz, K. / Gettins, P.G.W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Calcium coordination and pH dependence of the calcium affinity of ligand-binding repeat CR7 from the LRP. Comparison with related domains from the LRP and the LDL receptor.
著者: Simonovic, M. / Dolmer, K. / Huang, W. / Strickland, D.K. / Volz, K. / Gettins, P.G.
履歴
登録2001年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LOW-DENSITY LIPOPROTEIN RECEPTOR-RELATED PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,8572
ポリマ－4,8171
非ポリマー401
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)27.588, 35.359, 36.288
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド LOW-DENSITY LIPOPROTEIN RECEPTOR-RELATED PROTEIN 1


分子量: 4817.019 Da / 分子数: 1
断片: COMPLEMENT-LIKE REPEAT 7 (CR7), LDL-RECEPTOR CLASS A 7
変異: C1G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX-2T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q07954
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.03 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.8
詳細: 0.02M Na-acetate, 0.1M CaCl2, 0.3M NaCl, pH 3.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
16 mg/mlprotein1drop
20.3 M1reservoirNaCl
320 mMsodium acetate1reservoirpH3.8
4100 mM1reservoirCaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→100 Å / Num. all: 86028 / % possible obs: 88.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 13.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 1.85→1.97 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.268 / Num. unique all: 274 / % possible all: 56.6
反射
*PLUS
最低解像度: 100 Å / Num. obs: 2911 / Num. measured all: 86028
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 56.6 % / Mean I/σ(I) obs: 4

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Composite search model constructed based on coordinates of 1AJJ, 1D2L, and 1CR8.

1ajj

1d2l

1cr8


解像度: 1.85→21.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Data cutoff high absF: 1341106.64 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 281 9.7 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs-2911 88.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.37 Å2 / ksol: 0.419 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.24 Å20 Å20 Å2
2---6.09 Å20 Å2
3---3.84 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.15 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→21.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数332 0 1 31 364
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.63
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.181.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.82
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.982
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.782.5
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.054 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 28 9.3 %
Rwork0.227 274 -
obs-274 56.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMWATER_REP.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.85 Å / 最低解像度: 21.96 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 9.7 % / Rfactor obs: 0.186
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 21 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.63
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.181.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.982
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.82
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.782.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.288 / % reflection Rfree: 9.3 % / Rfactor Rwork: 0.227

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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