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- PDB-1j85: Structure of YibK from Haemophilus influenzae (HI0766), a truncat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j85
タイトルStructure of YibK from Haemophilus influenzae (HI0766), a truncated sequence homolog of tRNA (guanosine-2'-O-) methyltransferase (SpoU)
要素YibK
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase / structural genomics / hypothetical protein / Structure 2 Function Project / S2F
機能・相同性
機能・相同性情報


wobble position cytosine ribose methylation / wobble position uridine ribose methylation / : / tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase activity / tRNA (5-carboxymethylaminomethyluridine(34)-2'-O)-methyltransferase activity / tRNA (cytidine34-2'-O)-methyltransferase / RNA binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
tRNA (cytidine/uridine-2'-O-)-methyltransferase / tRNA/rRNA methyltransferase, SpoU type / SpoU rRNA Methylase family / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae Rd (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lim, K. / Zhang, H. / Toedt, J. / Tempcyzk, A. / Krajewski, W. / Howard, A. / Eisenstein, E. / Herzberg, O. / Structure 2 Function Project (S2F)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2003
タイトル: Structure of the YibK methyltransferase from Haemophilus influenzae (HI0766): A cofactor bound at a site formed by a knot
著者: Lim, K. / Zhang, H. / Tempcyzk, A. / Krajewski, W. / Bonander, N. / Toedt, J. / Howard, A. / Eisenstein, E. / Herzberg, O.
履歴
登録2001年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YibK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4271
ポリマ－18,4271
非ポリマー00
水2,234124
1
A: YibK

A: YibK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8552
ポリマ－36,8552
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area14380 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)40.37, 40.37, 165.82
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 YibK / HYPOTHETICAL TRNA/RRNA METHYLTRANSFERASE HI0766


分子量: 18427.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae Rd (インフルエンザ菌)
生物種: Haemophilus influenzae / 株: KW20 / 遺伝子: HI0766 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P44868, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.87 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: protein solution (12.5 mg/ml) in 50mM Tris-HCl pH7.5, 0.1mM EDTA, 0.1mM DTT; crystallization condition - 20 % polyethylene glycol monomethylether 2000, 0.1 M Na Acetate, 0.2 M Ammonium ...詳細: protein solution (12.5 mg/ml) in 50mM Tris-HCl pH7.5, 0.1mM EDTA, 0.1mM DTT; crystallization condition - 20 % polyethylene glycol monomethylether 2000, 0.1 M Na Acetate, 0.2 M Ammonium acetate, 3 % ethylene glycol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
112 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-HCl1droppH7.5
30.1 mMdithiothreitol1drop
40.1 mMEDTA1drop
520 %PEG2000MME1reservoir
60.1 Msodium acetate1reservoirpH4.6
70.2 Mammonium acetate1reservoir
83 %ethylene glycol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 9754 / Num. obs: 9754 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2→2.09 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Num. unique all: 1190 / Rsym value: 0.134 / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 113016
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / % possible obs: 99.8 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
CNS精密化
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 1036 11.1 %random
Rwork0.195 ---
all-9558 --
obs-9326 --
原子変位パラメータBiso mean: 30 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1260 0 0 124 1384
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9
LS精密化 シェル解像度: 2→2.07 Å /
Rfactor%反射
Rfree0.323 -
Rwork0.234 -
obs-94.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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