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万見
- PDB-1j7v: HUMAN IL-10 / IL-10R1 COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j7v
タイトルHUMAN IL-10 / IL-10R1 COMPLEX
要素
  • INTERLEUKIN-10
  • INTERLEUKIN-10 RECEPTOR ALPHA CHAIN
キーワードCYTOKINE/RECEPTOR / cytokine receptor complex / 4 helix bundle / class 2 receptor / interleukin-10 / CYTOKINE-RECEPTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-10 binding / negative regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / interleukin-10 receptor binding / regulation of response to wounding / negative regulation of cytokine activity / interleukin-10 receptor activity / negative regulation of interleukin-18 production / negative regulation of myeloid dendritic cell activation / negative regulation of interferon-alpha production / negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production ...interleukin-10 binding / negative regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / interleukin-10 receptor binding / regulation of response to wounding / negative regulation of cytokine activity / interleukin-10 receptor activity / negative regulation of interleukin-18 production / negative regulation of myeloid dendritic cell activation / negative regulation of interferon-alpha production / negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / chronic inflammatory response to antigenic stimulus / response to inactivity / negative regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of plasma cell differentiation / ubiquitin-dependent endocytosis / positive regulation of B cell apoptotic process / regulation of isotype switching / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / negative regulation of cytokine production involved in immune response / negative regulation of MHC class II biosynthetic process / negative regulation of interleukin-1 production / interleukin-10-mediated signaling pathway / intestinal epithelial structure maintenance / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / negative regulation of interleukin-8 production / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of interleukin-12 production / response to carbon monoxide / endothelial cell apoptotic process / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / positive regulation of macrophage activation / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / leukocyte chemotaxis / negative regulation of mitotic cell cycle / type 2 immune response / CD163 mediating an anti-inflammatory response / positive regulation of immunoglobulin production / negative regulation of cytokine production / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / negative regulation of B cell proliferation / defense response to protozoan / regulation of synapse organization / positive regulation of sprouting angiogenesis / Interleukin-10 signaling / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of type II interferon production / B cell proliferation / hemopoiesis / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / negative regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of cell cycle / positive regulation of endothelial cell proliferation / liver regeneration / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / negative regulation of autophagy / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / response to glucocorticoid / positive regulation of cytokine production / B cell differentiation / cytokine activity / response to activity / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth factor activity / cellular response to estradiol stimulus / response to molecule of bacterial origin / response to insulin / positive regulation of miRNA transcription / negative regulation of inflammatory response / cytokine-mediated signaling pathway / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / signaling receptor activity / cellular response to lipopolysaccharide / regulation of gene expression / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / response to lipopolysaccharide / protein dimerization activity / defense response to bacterium / immune response / cilium / apical plasma membrane / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interleukin-10 / Interleukin-10 family / Interleukin 10 / Interleukin-10/19/20/22/24/26 family / Interleukin-10, conserved site / Interleukin-10 family signature. / : / Tissue factor / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core ...Interleukin-10 / Interleukin-10 family / Interleukin 10 / Interleukin-10/19/20/22/24/26 family / Interleukin-10, conserved site / Interleukin-10 family signature. / : / Tissue factor / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-10 / Interleukin-10 receptor subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Josephson, K. / Logsdon, N. / Walter, M.R.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of the IL-10/IL-10R1 complex reveals a shared receptor binding site.
著者: Josephson, K. / Logsdon, N.J. / Walter, M.R.
履歴
登録2001年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: INTERLEUKIN-10
R: INTERLEUKIN-10 RECEPTOR ALPHA CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1792
ポリマ－43,1792
非ポリマー00
水37821
1
L: INTERLEUKIN-10
R: INTERLEUKIN-10 RECEPTOR ALPHA CHAIN

L: INTERLEUKIN-10
R: INTERLEUKIN-10 RECEPTOR ALPHA CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,3584
ポリマ－86,3584
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555x,x-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.230, 46.230, 307.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number153
Space group name H-MP3212

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要素

#1: タンパク質 INTERLEUKIN-10 / IL-10 / CYTOKINE SYNTHESIS INHIBITORY FACTOR / CSIF


分子量: 18672.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22301
#2: タンパク質 INTERLEUKIN-10 RECEPTOR ALPHA CHAIN / IL-10R1 / IL-10R-A


分子量: 24506.551 Da / 分子数: 1 / Fragment: EXTRACELLULAR DOMAIN, RESIDUES 22-235 / Mutation: N29Q,N53Q,N89Q,N133Q,N156Q,N168Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Schneider cells
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q13651
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.04 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: PEG 6000, MgCl2, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1drop
3150 mM1dropNaCl
42 mMCymal-61drop
50.1 MADA1reservoir
68 %PEG60001reservoir
70.1 M1reservoirMgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 8189 / Num. obs: 8189 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(F): 1.7 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.9→2.97 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 75
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 24449 / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 75 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
CNS1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.9→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.286 571 RANDOM
Rwork0.231 --
all-8135 -
obs-8135 -
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.483 Å2-11.158 Å2-
2---4.483 Å2-
3---8.966 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2897 0 0 21 2918
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.43
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 50 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.231
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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