PDB-1j52: Recombinant sperm whale myoglobin in the presence of 7atm xenon

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1j52

タイトル

Recombinant sperm whale myoglobin in the presence of 7atm xenon

要素

myoglobin

キーワード

OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / oxygen transport / heme / muscle protein / xenon / internal cavities / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Physeter catodon (マッコウクジラ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Liong, E.C. / Phillips Jr., G.N.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Internal Cavities in Myoglobin: Implications for Protein Action
著者: Radding, W. / Liong, E.C. / Phillips Jr., G.N.

履歴

登録	2002年1月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年11月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年10月27日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年8月16日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1j52.cif.gz	48.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1j52.ent.gz	33.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1j52.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1j52_validation.pdf.gz	834.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1j52_full_validation.pdf.gz	836.7 KB	表示
XML形式データ	1j52_validation.xml.gz	10.4 KB	表示
CIF形式データ	1j52_validation.cif.gz	14 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/1j52 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/1j52	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1mbw PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1cio-d 1jp6-d 5cn8-d 1cik-d 2myc-d 2zss-d 4qau-d 4h07-d 6ls8-4 1cp5-d 1jpb-d 1f65-d 3v2v-d 5iks-d 1ch2-d 2spm-d 3h57-d 2ohb-d 2vm0-d 5oj9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (2) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (2) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (2) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (2)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (2)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (2)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: myoglobin

ヘテロ分子

18.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.58, 91.58, 45.97
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120
Int Tables number	168
Space group name H-M	P6

#1: タンパク質	myoglobin 分子量: 17365.164 Da / 分子数: 1 / 変異: D122N / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Physeter catodon (マッコウクジラ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02185
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-XE / XENON / キセノン分子量: 131.293 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Xe
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.61 %
結晶化	pH: 9 / 詳細: 2.6-3.0 M (NH4)2SO4, 20 mM TRIS, 1 mM EDTA, PH 9.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 295 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年4月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 16336 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / R_merge(I) obs: 0.067

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
X-PLOR	3.851	精密化
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1MBW

1mbw
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.9→5 Å / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.205	1442	9.9 %	RANDOM
R_work	0.155	-	-	-
obs	-	14635	88.5 %	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1225	0	52	143	1420

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.009
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	1.6
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d	19.1
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d	1.27

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	parhcsdx.pro	tophcsdx.pro
X-RAY DIFFRACTION	2	param19x.heme	toph19x.heme
X-RAY DIFFRACTION	3	param19.solv	toph19.solv
X-RAY DIFFRACTION	4	param.xe	toph.xe

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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