PDB-1j4y: Solution Structure of the Unmodified Anticodon Stem-loop from E. ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1j4y

タイトル

Solution Structure of the Unmodified Anticodon Stem-loop from E. coli tRNA(Phe)

要素

anticodon stem-loop of tRNA(Phe)

キーワード

RNA / RNA stem-loop / trinucleotide loop / hairpin

機能・相同性

RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Cabello-Villegas, J. / Winkler, M.E. / Nikonowicz, E.P.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Solution conformations of unmodified and A(37)N(6)-dimethylallyl modified anticodon stem-loops of Escherichia coli tRNA(Phe).
著者: Cabello-Villegas, J. / Winkler, M.E. / Nikonowicz, E.P.

履歴

登録	2001年12月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_exptl_sample_conditions ...database_2 / pdbx_nmr_exptl_sample_conditions / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pressure_units / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1j4y.cif.gz	19.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1j4y.ent.gz	12.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1j4y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/1j4y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/1j4y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1kkaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1xwu-d 1kbm-d 6cy0-4 5ki7-d 2kpd-d 1fj5-d 6cy0-3 4mzz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
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#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
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転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
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カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
類似性 (1)
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ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
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オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
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伸長因子 (Elongation Factors)
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#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: anticodon stem-loop of tRNA(Phe)

5.47 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	1 / -
代表モデル

#1: RNA鎖	anticodon stem-loop of tRNA(Phe) 分子量: 5466.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: T7 RNA polymerase in vitro transcription

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY
1	3	1	DQF-COSY
1	4	1	HNN-COSY

NMR実験の詳細

Text: The structure was determined using 1H, 13C, 15N and 31P heteronuclear NMR spectroscopy.

-
試料調製

詳細

内容: 2mM ACSL-Phe, 15N, 13C
溶媒系: 10 mM Potassium Phosphate, 10mM NaCl, 0.02mM EDTA. 90% H2O-10% D2O or 100% D2O.

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	10 mM KPi, 10mM NaCl	6.8	1 atm	298 K
2	10 mM KPi, 10mM NaCl	6.8	1 atm	288 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.861	Brunger, A.	精密化
Felix	98	MSI-Biosym	データ解析
X-PLOR	3.1	Brunger	構造決定

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: 294 NOE distance constraints, 36 base pair constraints, 70 torsion angle constraints. Global fold without torsion angle constraints. Refinement with torsion angle constraints.

NMRアンサンブル

登録したコンフォーマーの数: 1

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関連情報:EMDBヘッダ

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