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- PDB-1j4t: Structure of Artocarpin: a Lectin with Mannose Specificity (Form 2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j4t
タイトルStructure of Artocarpin: a Lectin with Mannose Specificity (Form 2)
要素Artocarpin
キーワードPLANT PROTEIN / all Beta / Greek Key motif / Beta prism I fold
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Jacalin-like lectin domain, plant / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-type lectin domain profile. / Aligned Prism / Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mannose-specific lectin KM+
類似検索 - 構成要素
生物種Artocarpus integer (植物)
手法X線回折 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Pratap, J.V. / Jeyaprakash, A.A. / Rani, P.G. / Sekar, K. / Surolia, A. / Vijayan, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal structures of artocarpin, a Moraceae lectin with mannose specificity, and its complex with methyl-alpha-D-mannose: implications to the generation of carbohydrate specificity.
著者: Pratap, J.V. / Jeyaprakash, A.A. / Rani, P.G. / Sekar, K. / Surolia, A. / Vijayan, M.
履歴
登録2001年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Artocarpin
B: Artocarpin
C: Artocarpin
D: Artocarpin
E: Artocarpin
F: Artocarpin
G: Artocarpin
H: Artocarpin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,9368
ポリマ－128,9368
非ポリマー00
水15,745874
1
A: Artocarpin
B: Artocarpin
C: Artocarpin
D: Artocarpin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4684
ポリマ－64,4684
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6660 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area23290 Å2
手法PISA
2
E: Artocarpin
F: Artocarpin
G: Artocarpin
H: Artocarpin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4684
ポリマ－64,4684
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6760 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area22660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.69, 72.19, 92.63
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 101.15, 90.0
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Artocarpin


分子量: 16116.977 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: seeds / 由来: (天然) Artocarpus integer (植物) / 参照: UniProt: Q7M1T4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 874 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.4
詳細: PBS Buffer, 20% PEG 1450, 10Mg/ml protein, pH 7.4, vapor diffusion, temperature 293.0K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mg/mlprotein1droppH7.4
20.15 M1dropNaCl
340 %methoxy PEG3501drop
440 %methoxy PEG3501reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. all: 42342 / Num. obs: 42342 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.089
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.379 / % possible all: 56
反射
*PLUS
Num. measured all: 133210 / Rmerge(I) obs: 0.089
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 56 % / Rmerge(I) obs: 0.379

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化解像度: 2.4→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber /
Rfactor反射数
Rfree0.258 -
Rwork0.191 -
obs-36759
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9048 0 0 874 9922
拘束条件タイプ: x_bond_d / Dev ideal: 0.01
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.191 / Rfactor Rfree: 0.258 / Rfactor Rwork: 0.191
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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