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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1j4t | ||||||
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タイトル | Structure of Artocarpin: a Lectin with Mannose Specificity (Form 2) | ||||||
![]() | Artocarpin | ||||||
![]() | PLANT PROTEIN / all Beta / Greek Key motif / Beta prism I fold | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Pratap, J.V. / Jeyaprakash, A.A. / Rani, P.G. / Sekar, K. / Surolia, A. / Vijayan, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of artocarpin, a Moraceae lectin with mannose specificity, and its complex with methyl-alpha-D-mannose: implications to the generation of carbohydrate specificity. 著者: Pratap, J.V. / Jeyaprakash, A.A. / Rani, P.G. / Sekar, K. / Surolia, A. / Vijayan, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 251.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 202.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 522.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 644.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 70.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 94.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16116.977 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: seeds / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.83 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.4 詳細: PBS Buffer, 20% PEG 1450, 10Mg/ml protein, pH 7.4, vapor diffusion, temperature 293.0K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→20 Å / Num. all: 42342 / Num. obs: 42342 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.089 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.379 / % possible all: 56 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 133210 / Rmerge(I) obs: 0.089 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 56 % / Rmerge(I) obs: 0.379 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.4→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
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拘束条件 | タイプ: x_bond_d / Dev ideal: 0.01 | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.191 / Rfactor Rfree: 0.258 / Rfactor Rwork: 0.191 | ||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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