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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1j4a | ||||||
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タイトル | INSIGHTS INTO DOMAIN CLOSURE, SUBSTRATE SPECIFICITY AND CATALYSIS OF D-LACTATE DEHYDROGENASE FROM LACTOBACILLUS BULGARICUS | ||||||
要素 | D-LACTATE DEHYDROGENASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / NAD-DEPENDENT DEHYDROGENASE / REVERSIBLE INTERCONVERSION OF PYRUVATE INTO D-LACTATE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus (乳酸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Razeto, A. / Kochhar, S. / Hottinger, H. / Dauter, M. / Wilson, K.S. / Lamzin, V.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002 タイトル: Domain closure, substrate specificity and catalysis of D-lactate dehydrogenase from Lactobacillus bulgaricus. 著者: Razeto, A. / Kochhar, S. / Hottinger, H. / Dauter, M. / Wilson, K.S. / Lamzin, V.S. #1: ジャーナル: Thesis / 年: 1999 タイトル: Lysine Replacing Histidine in the Acid-Base Catalysis of D-Lactate Dehydrogenase: Structural Investigation on Enzymatic Stereoselectivity. 著者: Razeto, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1j4a.cif.gz | 291.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1j4a.ent.gz | 234.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1j4a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1j4a_validation.pdf.gz | 465.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1j4a_full_validation.pdf.gz | 509.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1j4a_validation.xml.gz | 61.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1j4a_validation.cif.gz | 88.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/1j4a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/1j4a | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37112.160 Da / 分子数: 4 / 変異: H297K / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus (乳酸菌) 生物種: Lactobacillus delbrueckii / 株: N42 / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: LDHD / プラスミド: PMD19 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 遺伝子 (発現宿主): LDHD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SURE / 参照: UniProt: P26297, D-lactate dehydrogenase #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.4 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: Orthorhombic crystals were grown by vapour diffusion from solutions of 20 % PEG 6K, 0.2 M ammonium sulphate in 0.1 M cacodylate buffer pH 6.5. | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.906 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年12月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SILICON CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.906 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→19 Å / Num. obs: 132348 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 0.215 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 16.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å / Rmerge(I) obs: 0.327 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 92.4 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.047 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 92.4 % / Rmerge(I) obs: 0.327 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: MODEL OF NATIVE D-LDH WHICH IS CURRENTLY BEING DEPOSITED IN THE PDB 解像度: 1.9→19 Å / SU B: 2.44 / 交差検証法: THROUGHOUT APART FROM THE LAST 3 CYCLES / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.15 詳細: THE DENSITY OF THE CATALYTIC DOMAIN OF SUBUNIT C IS VERY POOR: 49 RESIDUES WERE ASSIGNED ZERO OCCUPANCY. IN ALL SUBUNITS THERE IS NO DENSITY FOR THE METHIONINE AT THE N-TERMINUS AND IN ...詳細: THE DENSITY OF THE CATALYTIC DOMAIN OF SUBUNIT C IS VERY POOR: 49 RESIDUES WERE ASSIGNED ZERO OCCUPANCY. IN ALL SUBUNITS THERE IS NO DENSITY FOR THE METHIONINE AT THE N-TERMINUS AND IN SUBUNITS A,B,C FOR GLY-333 AT THE C-TERMINUS.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 0.327 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.204 / Rfactor Rfree: 0.259 / Rfactor Rwork: 0.204 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |