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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1j3q | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Thermococcus litoralis phosphogrucose isomerase soaked with FeSO4 | ||||||
要素 | Phosphoglucose Isomerase | ||||||
キーワード | ISOMERASE / phosphoglucose isomerase / cupin superfamily / iron ion / archaea | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucose-6-phosphate isomerase / glucose-6-phosphate isomerase activity / gluconeogenesis / glycolytic process / iron ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermococcus litoralis (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Jeong, J.-J. / Fushinobu, S. / Ito, S. / Hidaka, M. / Shoun, H. / Wakagi, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of a novel cupin-type phosphoglucose isomerase 著者: Jeong, J.-J. / Fushinobu, S. / Ito, S. / Hidaka, M. / Shoun, H. / Wakagi, T. #1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2003 タイトル: Characterization of the cupin-type phosphoglucose isomerase from the hyperthermophilic archaeon Thermococcus litoralis(1). 著者: Jeong, J.-J. / Fushinobu, S. / Ito, S. / Jeon, B.-S. / Shoun, H. / Wakagi, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1j3q.cif.gz | 90.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1j3q.ent.gz | 68.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1j3q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1j3q_validation.pdf.gz | 434.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1j3q_full_validation.pdf.gz | 441 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1j3q_validation.xml.gz | 18.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1j3q_validation.cif.gz | 25.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j3/1j3q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j3/1j3q | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer in the asymmetric unit. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21749.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermococcus litoralis (古細菌) / プラスミド: pET21d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P84140, glucose-6-phosphate isomerase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.71 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: PEG 8000, potassium phosphate, ferrous sulfate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.978 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月7日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→29.5 Å / Num. all: 35186 / Num. obs: 35186 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.64 % / Biso Wilson estimate: 19.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 10.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 3.43 % / Rmerge(I) obs: 0.296 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 4682 / % possible all: 89.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 1J3P 解像度: 1.85→29.27 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1567603.63 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.7256 Å2 / ksol: 0.327602 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→29.27 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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