PDB-1j33: Crystal structure of CobT from Thermus thermophilus HB8

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1j33

タイトル

Crystal structure of CobT from Thermus thermophilus HB8

要素

CobT

キーワード

TRANSFERASE / PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE / COBALAMIN BIOSYNTHESIS / VITAMIN B12 / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase / nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase activity / cobalamin biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Kunishima, N. / Asada, Y. / Miyano, M. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of CobT from Thermus thermophilus HB8
著者: Kunishima, N. / Asada, Y. / Miyano, M.

履歴

登録	2003年1月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2003年2月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1j33.cif.gz	78.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1j33.ent.gz	58.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1j33.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1j33_validation.pdf.gz	423.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1j33_full_validation.pdf.gz	429.4 KB	表示
XML形式データ	1j33_validation.xml.gz	16.7 KB	表示
CIF形式データ	1j33_validation.cif.gz	24.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j3/1j33 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j3/1j33	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1jh8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1wx1-d 3mx5-3 3bxh-d 6vi1-3 2cll-d 6ltt-d 5c4e-1 1beu-d 6dzo-d 3c7t-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: ttk003000214.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CobT

34.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CobT

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.789, 75.085, 158.541
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-567- HOH
2	1	A-570- HOH

詳細

The biological assembly is a dimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operation: x, -y, -z.

#1: タンパク質	CobT 分子量: 34772.336 Da / 分子数: 1 / 変異: D2V, L228I / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB8 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7SIC7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.96 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.3 詳細: PEG 4000, lithium chloride, Tris-Cl, pH 8.3, MICROBATCH, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月3日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→30 Å / Num. all: 19756 / Num. obs: 19756 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 17.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / R_sym value: 0.065 / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.272 / Mean I/σ(I) obs: 8.2 / Num. unique all: 1914 / R_sym value: 0.25 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
CNS	1.1	精密化
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JH8

1jh8

解像度: 2→28.3 Å / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.252	1011	-	RANDOM
R_work	0.204	-	-	-
all	0.206	19591	-	-
obs	0.206	19591	99.4 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	9.15 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-5.58 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.57 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.3 Å	0.23 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.3 Å	0.24 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→28.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2427	0	0	266	2693

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.18
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.0048

LS精密化シェル

解像度: 2→2.09 Å / R_factor R_free error: 0.031

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.356	131	-
R_work	0.294	-	-
obs	-	2279	99.5 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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