ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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MOSFLM | | データ削減 | SCALA | | データスケーリング | SHARP | | 位相決定 | CNS | 1.1 | 精密化 | CCP4 | (SCALA)データスケーリング | |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→10 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.194 | 13282 | - | RANDOM |
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Rwork | 0.166 | - | - | - |
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obs | 0.166 | 132614 | 99.4 % | - |
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all | - | 132614 | - | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: THROUGHOUT / Bsol: 74.7 Å2 / ksol: 0.5 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 15.17 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -0.109 Å2 | 0 Å2 | -0.263 Å2 |
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2- | - | -1.451 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 1.56 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.18 Å | 0.16 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.11 Å | 0.09 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→10 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 8412 | 0 | 16 | 642 | 9070 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.015 | X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d_na | X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d_prot | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_d_na | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_d_prot | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.76 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg_na | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg_prot | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d24.84 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d_na | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d_prot | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d1.17 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d_na | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d_prot | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.436 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it1.912 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it2.559 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it3.571 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAIN / Weight Biso : 2 / Weight position: 200 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.67 Å
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.241 | 1657 | - |
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Rwork | 0.2254 | - | - |
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obs | - | - | 97.7 % |
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.192 / Rfactor Rwork: 0.152 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg24.84 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg1.17 | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.241 |
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