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万見
- PDB-1j2r: Crystal structure of Escherichia coli gene product Yecd at 1.3 A ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j2r
タイトルCrystal structure of Escherichia coli gene product Yecd at 1.3 A resolution
要素Hypothetical isochorismatase family protein yecD
キーワードStructural genomics / unknown function / parallel beta-sheet 3-2-1-4-5-6 / alpha-beta-alpha motif / tetramere / Bacterial targets at IGS-CNRS / France / BIGS
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素 / hydrolase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like superfamily / Isochorismatase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Isochorismatase family protein YecD / Uncharacterized isochorismatase family protein YecD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Suhre, K. / Claverie, J.-M. / Abergel, C. / Bacterial targets at IGS-CNRS, France (BIGS)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of escherichia coli gene product Yecd at 1.3 A resolution
著者: Suhre, K. / Claverie, J.-M. / Abergel, C.
履歴
登録2003年1月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical isochorismatase family protein yecD
B: Hypothetical isochorismatase family protein yecD
C: Hypothetical isochorismatase family protein yecD
D: Hypothetical isochorismatase family protein yecD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,59716
ポリマ－87,1794
非ポリマー1,41812
水16,646924
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: Hypothetical isochorismatase family protein yecD
B: Hypothetical isochorismatase family protein yecD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2988
ポリマ－43,5892
非ポリマー7096
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5810 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area14510 Å2
手法PISA
3
C: Hypothetical isochorismatase family protein yecD
D: Hypothetical isochorismatase family protein yecD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2988
ポリマ－43,5892
非ポリマー7096
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5850 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area14620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.502, 108.886, 50.419
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
Hypothetical isochorismatase family protein yecD / Yecd gene product


分子量: 21794.713 Da / 分子数: 4 / 変異: A103T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: yecD / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / 参照: UniProt: P37347, UniProt: P0ADI7*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 924 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.5
詳細: MPD, TRIS, acetate, NaCl, Lysine, pH 5.5, EVAPORATION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→50.77 Å / Num. all: 190258 / Num. obs: 163406 / % possible obs: 85.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 18.62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 1.3→1.35 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Num. unique all: 13256 / % possible all: 72.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALAデータスケーリング
TRUNCATEデータスケーリング
T-COFFEE位相決定
MODELLER位相決定
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 1NBA and 1IM5

1nba

1im5


解像度: 1.3→50.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 0.686 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Hydrogens have been added in the riding positions. The structure was refined also with BUSTER, CNS and ARPWARP.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16494 8200 5 %RANDOM
Rwork0.14499 ---
obs0.14596 155206 85.89 %-
all-162173 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.354 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5 Å20 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→50.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5751 0 96 924 6771
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0215955
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025537
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3991.9538125
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83312794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6115744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2927
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026632
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0120.021164
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.21162
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2530.26697
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.23533
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.2676
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.190.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2710.270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.180.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6911.53724
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.26325976
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.92632231
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0924.52149
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.228 532
Rwork0.216 9366

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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