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- PDB-1j2l: Crystal structure of the disintegrin, trimestatin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j2l
タイトルCrystal structure of the disintegrin, trimestatin
要素Disintegrin triflavin
キーワードTOXIN / disintegrin / RGD motif / trimestatin / snake venom
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Disintegrin domain / Echistatin / Disintegrin, conserved site / Disintegrins signature. / Disintegrin / Disintegrin domain profile. / Homologues of snake disintegrins / Disintegrin domain / Disintegrin domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
Disintegrin triflavin
類似検索 - 構成要素
生物種Trimeresurus flavoviridis (ハブ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Fujii, Y. / Okuda, D. / Fujimoto, Z. / Morita, T. / Mizuno, H.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of Trimestatin, a Disintegrin Containing a Cell Adhesion Recognition Motif RGD
著者: Fujii, Y. / Okuda, D. / Fujimoto, Z. / Horii, T. / Morita, T. / Mizuno, H.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic studies of dimeric disintegrins from the venom of two Agkistrodon snakes.
著者: Fujii, Y. / Okuda, D. / Fujimoto, Z. / Morita, T. / Mizuno, H.
#2: ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 2001
タイトル: Purification and characterization of a new RGD/KGD-containing dimeric disintegrin, piscivostatin, from the venom of Agkistrodon piscivorus piscivorus: the unique effect of piscivostatin ...タイトル: Purification and characterization of a new RGD/KGD-containing dimeric disintegrin, piscivostatin, from the venom of Agkistrodon piscivorus piscivorus: the unique effect of piscivostatin on platelet aggregation.
著者: Okuda, D. / Morita, T.
履歴
登録2003年1月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Disintegrin triflavin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6832
ポリマ－7,5871
非ポリマー961
水2,756153
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.546, 48.119, 37.667
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 126.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Disintegrin triflavin / trimestatin / RGD-containing peptide


分子量: 7586.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trimeresurus flavoviridis (ハブ) / Secretion: venom / 参照: UniProt: P21859
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: PEG 8000, ammonium sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / 手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
130.0 mg/mlprotein11
230 %(w/v)PEG800012
30.1 Mammonium sulfate12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 7539 / Num. obs: 52379 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 17.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.261 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 1092 / Rsym value: 0.242 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 7539 / Num. measured all: 52379 / Rmerge(I) obs: 0.056
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 1.76 Å / Num. unique obs: 1092 / Num. measured obs: 7548 / Rmerge(I) obs: 0.242

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FVL

1fvl


解像度: 1.7→18.31 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 1415224.78 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 387 5.1 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.187 52379 99.7 %-
all-7538 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.1676 Å2 / ksol: 0.33892 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å21 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3---0.18 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.04 Å0.07 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→18.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数506 0 5 153 664
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.311.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.122
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.172
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.292.5
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 66 5.3 %
Rwork0.224 1170 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4CIS_PEPTIDE.PARAM
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. reflection all: 52379 / Num. reflection obs: 7538 / Rfactor Rfree: 0.229 / Rfactor Rwork: 0.189
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.82
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.278 / Rfactor Rwork: 0.229 / Num. reflection Rwork: 737

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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