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- PDB-1j2b: Crystal Structure Of Archaeosine tRNA-Guanine Transglycosylase Co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j2b
タイトルCrystal Structure Of Archaeosine tRNA-Guanine Transglycosylase Complexed With lambda-form tRNA(Val)
要素
  • Archaeosine tRNA-guanine transglycosylase
  • tRNA(Val)
キーワードtransferase/RNA / transferase / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics / transferase-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-guanine15 transglycosylase / pentosyltransferase activity / tRNA modification / RNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 2 / ArcTGT, C1 domain / tRNA-guanine(15) transglycosylase / tRNA-guanine transglycosylase, patch-forming domain C2 / tRNA-guanine(15) transglycosylase, C1 domain / ArcTGT, C1 domain superfamily / C1 domain of tRNA-guanine transglycosylase dimerisation / Patch-forming domain C2 of tRNA-guanine transglycosylase / ArcTGT, C2 domain / TGT, patch-forming C2 domain superfamily ...Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 2 / ArcTGT, C1 domain / tRNA-guanine(15) transglycosylase / tRNA-guanine transglycosylase, patch-forming domain C2 / tRNA-guanine(15) transglycosylase, C1 domain / ArcTGT, C1 domain superfamily / C1 domain of tRNA-guanine transglycosylase dimerisation / Patch-forming domain C2 of tRNA-guanine transglycosylase / ArcTGT, C2 domain / TGT, patch-forming C2 domain superfamily / Uncharacterised domain CHP00451 / PUA domain / PUA domain / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 / Putative RNA-binding Domain in PseudoUridine synthase and Archaeosine transglycosylase / PUA domain / PUA domain superfamily / PUA domain profile. / Queuine tRNA-ribosyltransferase-like / : / tRNA-guanine(15) transglycosylase-like / Queuine tRNA-ribosyltransferase-like / Queuine tRNA-ribosyltransferase / PUA-like superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / TIM Barrel / Roll / Alpha-Beta Barrel / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / tRNA-guanine(15) transglycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Ishitani, R. / Nureki, O. / Nameki, N. / Okada, N. / Nishimura, S. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2003
タイトル: Alternative Tertiary Structure of tRNA for Recognition by a Posttranscriptional Modification Enzyme
著者: Ishitani, R. / Nureki, O. / Nameki, N. / Okada, N. / Nishimura, S. / Yokoyama, S.
履歴
登録2002年12月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: tRNA(Val)
D: tRNA(Val)
A: Archaeosine tRNA-guanine transglycosylase
B: Archaeosine tRNA-guanine transglycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,28410
ポリマ－183,0564
非ポリマー2286
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)230.834, 230.834, 269.255
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: RNA鎖 tRNA(Val)


分子量: 24827.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: synthetic tRNA transcript; sequence from Pyrococcus horikoshii
#2: タンパク質 Archaeosine tRNA-guanine transglycosylase / E.C.2.4.2.29


分子量: 66700.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / プラスミド: pET3a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O58843, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.58 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: citrate, ammonium phosphate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1citrate11
2ammonium phosphate11
3citrate12
4ammonium phosphate12
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
16-8 mg/mlprotein1drop
2100 mMcitrate1droppH5.6
31.0 Mammmonium dihydrogen phosphate1drop
40.3 %xylitol1drop
5100 mMcitrate1reservoirpH5.6
61.0 Mammmonium dihydrogen phosphate1reservoir
7400 mM1reservoirNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 30 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月13日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. all: 334265 / Num. obs: 334265 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 40.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.487 / Mean I/σ(I) obs: 2.31 / Num. unique all: 4055 / Rsym value: 0.487 / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. obs: 41049 / Num. measured all: 334265
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IQ8

1iq8


解像度: 3.3→48.54 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 14348606.6 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 4151 10 %RANDOM
Rwork0.225 ---
obs0.225 41391 99.7 %-
all-41391 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 21.895 Å2 / ksol: 0.265241 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 88.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.73 Å221.96 Å20 Å2
2---3.73 Å20 Å2
3---7.46 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.86 Å0.71 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→48.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9286 3162 6 41 12495
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it7.281.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it10.872
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it10.022
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it13.52.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 677 9.9 %
Rwork0.313 6150 -
obs--99.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.3 Å / 最低解像度: 50 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0119
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.57
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.49

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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