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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1j1z | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Thermus thermophilus HB8 Argininosuccinate Synthetase in complex with substrate | |||||||||
![]() | Argininosuccinate Synthetase | |||||||||
![]() | LIGASE / ATP-binding / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics | |||||||||
機能・相同性 | ![]() argininosuccinate metabolic process / argininosuccinate synthase / argininosuccinate synthase activity / urea cycle / arginine biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Goto, M. / Hirotsu, K. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of argininosuccinate synthetase in enzyme-ATP-substrates and enzyme-AMP-product forms 著者: Goto, M. / Omi, R. / Miyahara, I. / Sugahara, M. / Hirotsu, K. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 326 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 264.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 67.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 91.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44875.992 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: HB8 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ATP / #3: 化合物 | ChemComp-CIR / #4: 化合物 | ChemComp-ASP / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.68 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: tris, ammonium sulfate, glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 178320 / Num. obs: 178320 / % possible obs: 98.2 % |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.17 Å / % possible all: 99.7 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 561786 / Rmerge(I) obs: 0.065 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.7 % / Rmerge(I) obs: 0.261 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→10 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.2571 / Rfactor Rwork: 0.2327 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.43 | ||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.3392 / Rfactor Rwork: 0.3034 |