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- PDB-1j1y: Crystal Structure of PaaI from Thermus thermophilus HB8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j1y
タイトルCrystal Structure of PaaI from Thermus thermophilus HB8
要素PaaI protein
キーワードHYDROLASE / THIOESTERASE / HOT DOG FOLD / PHENYLACETIC ACID DEGRADATION / Structural Genomics / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


acyl-CoA hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Phenylacetic acid degradation protein PaaD / : / Phenylacetic acid degradation-related domain / Thioesterase domain / Thioesterase superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phenylacetic acid degradation protein PaaI
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Kunishima, N. / Sugahara, M. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / Miyano, M. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: A Novel Induced-fit Reaction Mechanism of Asymmetric Hot Dog Thioesterase PaaI
著者: Kunishima, N. / Asada, Y. / Sugahara, M. / Ishijima, J. / Nodake, Y. / Sugahara, M. / Miyano, M. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / Sugahara, M.
履歴
登録2002年12月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PaaI protein
B: PaaI protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6204
ポリマ－28,5602
非ポリマー602
水3,603200
1
A: PaaI protein
B: PaaI protein
ヘテロ分子

A: PaaI protein
B: PaaI protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2408
ポリマ－57,1214
非ポリマー1204
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_655-x+1,y,-z1
Buried area8140 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area17090 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)57.877, 57.877, 139.607
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1001-

CL

21A-1002-

MG

31A-1003-

HOH

41A-1004-

HOH

51A-1077-

HOH

61A-1099-

HOH

71B-215-

HOH

詳細The biological assembly is a tetramer generated from the dimer in the asymmetric unit by the operation: 1-x, y, -z.

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要素

#1: タンパク質 PaaI protein


分子量: 14280.224 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SJP3
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.55 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 400, magnesium chloride, HEPES-Na, pH 7.5, MICROBATCH, temperature 295K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
130.0 mg/mlprotein11
250 mM11NaCl
320 mMTris-HCl11pH8.0
430 %(v/v)PEG40011
50.2 M11MgCl2
60.1 MHEPES-NaOH11pH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45PX / 波長: 0.97950, 0.97945, 1.02000
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年10月12日
放射モノクロメーター: UNDULATOR / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.979451
31.021
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 26981 / Num. obs: 26981 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 16.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 0.182 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 3841 / Rsym value: 0.176 / % possible all: 100
反射
*PLUS
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MLPHARE位相決定
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→30 Å / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.193 1349 -RANDOM
Rwork0.181 ---
all0.182 26981 --
obs0.182 26981 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å20 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3---0.18 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.19 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.09 Å0.06 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1733 0 2 200 1935
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.017
Rfactor反射数%反射
Rfree0.198 129 -
Rwork0.202 --
obs-2624 100 %
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.181
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.005
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.202

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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