ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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CNS | 1.1 | 精密化 | | CNS | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→39.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.248 | 1774 | 9.9 % | RANDOM |
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Rwork | 0.194 | - | - | - |
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all | - | 17987 | - | - |
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obs | - | 17884 | 99.4 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 49.9947 Å2 / ksol: 0.371322 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso max: 51.21 Å2 / Biso mean: 16.48 Å2 / Biso min: 2.97 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0.36 Å2 | -0.01 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -0.01 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -0.35 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.27 Å | 0.2 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.19 Å | 0.11 Å |
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Luzzati d res high | - | 2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→39.8 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1765 | 0 | 6 | 320 | 2091 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.005 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.3 | X-RAY DIFFRACTION | c_torsion_deg26.2 | X-RAY DIFFRACTION | c_torsion_impr_deg0.65 | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | % reflection Rfree (%) | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Rfactor Rfree error | Num. reflection all | Num. reflection obs | % reflection obs (%) |
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2-2.09 | 0.271 | 205 | 9.6 | 0.197 | 1920 | 0.019 | 2153 | 2125 | 98.7 | 2.09-2.2 | 0.257 | 198 | 9.2 | 0.207 | 1957 | 0.018 | 2170 | 2155 | 99.3 | 2.2-2.34 | 0.278 | 233 | 10.8 | 0.183 | 1926 | 0.018 | 2170 | 2159 | 99.5 | 2.34-2.52 | 0.266 | 219 | 10 | 0.208 | 1974 | 0.018 | 2203 | 2193 | 99.5 | 2.52-2.77 | 0.242 | 208 | 9.4 | 0.189 | 2001 | 0.017 | 2217 | 2209 | 99.6 | 2.77-3.17 | 0.257 | 231 | 10.4 | 0.203 | 1999 | 0.017 | 2238 | 2230 | 99.6 | 3.17-4 | 0.232 | 229 | 9.9 | 0.186 | 2081 | 0.015 | 2317 | 2310 | 99.7 | 4-39.8 | 0.227 | 251 | 10 | 0.192 | 2252 | 0.014 | 2531 | 2503 | 98.9 |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | protein_rep.paramprotein.topX-RAY DIFFRACTION | 2 | water_rep.paramwater.topX-RAY DIFFRACTION | 3 | ion.paramion.top | | | | | |
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