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- PDB-1j1i: Crystal structure of a His-tagged Serine Hydrolase Involved in th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j1i
タイトルCrystal structure of a His-tagged Serine Hydrolase Involved in the Carbazole Degradation (CarC enzyme)
要素meta cleavage compound hydrolase
キーワードHYDROLASE / Carbazole degradation / meta cleavage product hydrolase / histidine tagged protein / ALPHA/BETA-HYDROLASE / BETA-KETOLASE / DIOXIN / AROMATIC COMPOUNDS / DIBENZOFURAN
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Alpha/beta hydrolase family / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Meta cleavage compound hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Janthinobacterium (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Habe, H. / Morii, K. / Fushinobu, S. / Nam, J.W. / Ayabe, Y. / Yoshida, T. / Wakagi, T. / Yamane, H. / Nojiri, H. / Omori, T.
引用
ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of a histidine-tagged serine hydrolase involved in the carbazole degradation (CarC enzyme).
著者: Habe, H. / Morii, K. / Fushinobu, S. / Nam, J.W. / Ayabe, Y. / Yoshida, T. / Wakagi, T. / Yamane, H. / Nojiri, H. / Omori, T.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: The C-C bond hydrolase from a carbazole-degrader
著者: Nojiri, H. / Taira, H. / Iwata, K. / Morii, K. / Nam, J.W. / Yoshida, T. / Habe, H. / Nakamura, S. / Shimizu, K. / Yamane, H. / Omori, T.
履歴
登録2002年12月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: meta cleavage compound hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1381
ポリマ－33,1381
非ポリマー00
水3,135174
1
A: meta cleavage compound hydrolase

A: meta cleavage compound hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,2752
ポリマ－66,2752
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation16_555-y+1/2,-x+1/2,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)130.268, 130.268, 84.491
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -y+1/2, -x+1/2, -z+1/2.

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要素

#1: タンパク質 meta cleavage compound hydrolase / Serine Hydrolase Involved in the Carbazole Degradation / CarC


分子量: 33137.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Janthinobacterium (バクテリア) / 属: Janthinobacterium / 株: J3 / 遺伝子: CarC / プラスミド: pECJ3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q84II3, 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: PEG 6000, citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
15.2 %PEG60001reservoir
226 mMcitric acid1reservoirpH5.0
315-20 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU ULTRAX 18 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年12月14日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→33.22 Å / Num. all: 30733 / Num. obs: 30496 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 26.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 1.86→1.93 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.286 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 2978 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClear1.3データ収集
CrystalClear1.3データ削減
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
CrystalClearV. 1.3 (MSC/RIGAKU)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IUP

1iup


解像度: 1.86→32.57 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1534 5 %RANDOM
Rwork0.215 ---
all0.217 30733 --
obs0.215 30496 99.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.2113 Å2 / ksol: 0.36267 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.42 Å20 Å20 Å2
2--1.42 Å20 Å2
3----2.84 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→32.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2021 0 0 174 2195
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.67
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.531.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.242
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.132
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.72.5
LS精密化 シェル解像度: 1.86→1.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 274 5.5 %
Rwork0.275 4698 -
obs--98.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.67

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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