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万見
- PDB-1j0w: Crystal Structure Analysis of the Dok-5 PTB Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j0w
タイトルCrystal Structure Analysis of the Dok-5 PTB Domain
要素downstream of tyrosine kinase 5
キーワードTRANSFERASE / BETA STRANDS / ALFA HELIX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway / RET signaling / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / axon guidance / positive regulation of MAPK cascade / cytosol
類似検索 - 分子機能
DOK4/5/6, PH domain / Phosphotyrosine-binding domain (IRS1-like) / IRS-type PTB domain profile. / IRS-type PTB domain / PTB domain (IRS-1 type) / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily ...DOK4/5/6, PH domain / Phosphotyrosine-binding domain (IRS1-like) / IRS-type PTB domain profile. / IRS-type PTB domain / PTB domain (IRS-1 type) / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Shi, N. / Ding, Y. / Qiang, B.Q. / Yuan, J.G. / Rao, Z.H.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure Analysis of the Dok-5 PTB Domain
著者: Shi, N. / Ding, Y. / Qiang, B.Q. / Yuan, J.G. / Rao, Z.H.
履歴
登録2002年11月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: downstream of tyrosine kinase 5
B: downstream of tyrosine kinase 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2512
ポリマ－24,2512
非ポリマー00
水1,45981
1
A: downstream of tyrosine kinase 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1251
ポリマ－12,1251
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: downstream of tyrosine kinase 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1251
ポリマ－12,1251
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.890, 75.890, 107.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis.

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要素

#1: タンパク質 downstream of tyrosine kinase 5 / DOK-5 PTB DOMAIN


分子量: 12125.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DOK5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9P104, EC: 2.7.1.112
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.47 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: ammonium sulfate, hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97945, 0.97959, 0.95372
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月14日
放射モノクロメーター: osmic mirror / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979451
20.979591
30.953721
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 132314 / Num. obs: 132288 / % possible obs: 99.98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.3→50 Å / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2696 2175 random
Rwork0.2259 --
all-24036 -
obs-23018 -
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.727 Å2-7.452 Å20 Å2
2---6.727 Å20 Å2
3---13.454 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1653 0 0 81 1734
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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