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万見
- PDB-1j0o: High Resolution Crystal Structure of the wild type Tetraheme Cyto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j0o
タイトルHigh Resolution Crystal Structure of the wild type Tetraheme Cytochrome c3 from Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F
要素Cytochrome c3
キーワードELECTRON TRANSPORT / tetraheme cytochrome c3 / high resolution X-ray structure / wild type
機能・相同性
機能・相同性情報


anaerobic respiration / periplasmic space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Class III cytochrome C / Class III cytochrome C family / Cytochrome c, class III / Cytochrome C3 / Cytochrome C3 / Multiheme cytochrome superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHANOL / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome c3
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Ozawa, K. / Yasukawa, F. / Kumagai, J. / Ohmura, T. / Cusanvich, M.A. / Tomimoto, Y. / Ogata, H. / Higuchi, Y. / Akutsu, H.
引用ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2003
タイトル: Role of the aromatic ring of Tyr43 in tetraheme cytochrome c(3) from Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F.
著者: Ozawa, K. / Takayama, Y. / Yasukawa, F. / Ohmura, T. / Cusanovich, M.A. / Tomimoto, Y. / Ogata, H. / Higuchi, Y. / Akutsu, H.
履歴
登録2002年11月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年10月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / struct_conn
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,39313
ポリマ－11,5581
非ポリマー2,83412
水6,215345
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.336, 67.347, 34.094
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c3


分子量: 11558.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
プラスミド: pKFC3K / 発現宿主: Shewanella oneidensis (バクテリア) / 株 (発現宿主): TSP-C / 参照: UniProt: P00132
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 277 K / 手法: small tubes / pH: 7.4 / 詳細: ethanol, pH 7.4, SMALL TUBES, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 10 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
115 mg/mlprotein1drop
212.5 mMTris-HCl1droppH7.4
350 %(v/v)ethanol1drop
410 mMTris-HCl1reservoirpH7.4
560 %(v/v)ethanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 0.71 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月13日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.71 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.153→26.299 Å / Num. all: 40949 / Num. obs: 40815 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.059
反射 シェル解像度: 1.15→1.21 Å / Rmerge(I) obs: 0.143 / % possible all: 56.3
反射
*PLUS
最高解像度: 1.15 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
SHELXL-97精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.15→10 Å / Num. parameters: 12081 / Num. restraintsaints: 13969 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1669 1724 5.3 %RANDOM
Rwork0.1012 ---
all0.1107 38639 --
obs0.1042 33017 89.4 %-
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.04 Å / Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 958 / Occupancy sum non hydrogen: 1280
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数801 0 172 369 1342
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.044
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0292
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.08
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.09
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.068
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.061
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.101
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.1077
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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