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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1izq | ||||||
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タイトル | F46V mutant of bovine pancreatic ribonuclease A | ||||||
![]() | RIBONUCLEASE A | ||||||
![]() | HYDROLASE / RIBONUCLEASE / RNASE A / BOVINE PANCREAS | ||||||
機能・相同性 | ![]() pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kadonosono, T. / Chatani, E. / Hayashi, R. / Moriyama, H. / Ueki, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Minimization of cavity size ensures protein stability and folding: structures of Phe46-replaced bovine pancreatic RNase A 著者: Kadonosono, T. / Chatani, E. / Hayashi, R. / Moriyama, H. / Ueki, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 39.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 26.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 423.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 427.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1izpC ![]() 1izrC ![]() 1fs3S ![]() 1izs ![]() 1izt ![]() 1izu ![]() 1izv ![]() 1izw ![]() 1izx C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a monomer |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13660.283 Da / 分子数: 1 / 変異: F46V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.33 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: ammonium sulfate, sodium chloride, sodium acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 25 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年2月12日 |
放射 | モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.7 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 23657 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 7.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 8.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 1 % / Rmerge(I) obs: 0.428 / % possible all: 73.4 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.5 Å / Num. obs: 23659 / Rmerge(I) obs: 0.08 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1FS3 解像度: 1.8→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 350323.07 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 89.5633 Å2 / ksol: 0.883935 e/Å3 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.24 / Rfactor Rwork: 0.2 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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