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万見
- PDB-1iz6: Crystal Structure of Translation Initiation Factor 5A from Pyroco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iz6
タイトルCrystal Structure of Translation Initiation Factor 5A from Pyrococcus Horikoshii
要素Initiation Factor 5A
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / SH3-like barrel / OB fold
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of translational termination / positive regulation of translational elongation / translation elongation factor activity / translation initiation factor activity / ribosome binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation elongation factor IF5A, archaeal / Translation elongation factor, KOW-like / Elongation factor P (EF-P) KOW-like domain / Translation elongation factor, IF5A, hypusine site / Eukaryotic initiation factor 5A hypusine signature. / Eukaryotic elongation factor 5A hypusine, DNA-binding OB fold / Translation elongation factor IF5A-like / Translation elongation factor, IF5A C-terminal / Eukaryotic elongation factor 5A hypusine, DNA-binding OB fold / SH3 type barrels. - #30 ...Translation elongation factor IF5A, archaeal / Translation elongation factor, KOW-like / Elongation factor P (EF-P) KOW-like domain / Translation elongation factor, IF5A, hypusine site / Eukaryotic initiation factor 5A hypusine signature. / Eukaryotic elongation factor 5A hypusine, DNA-binding OB fold / Translation elongation factor IF5A-like / Translation elongation factor, IF5A C-terminal / Eukaryotic elongation factor 5A hypusine, DNA-binding OB fold / SH3 type barrels. - #30 / Nucleic acid-binding proteins / SH3 type barrels. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Translation protein SH3-like domain superfamily / Ribosomal protein L2, domain 2 / Roll / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Translation initiation factor 5A
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Yao, M. / Ohsawa, A. / Kikukawa, S. / Tanaka, I. / Kimura, M.
引用ジャーナル: J.BIOCHEM.(TOKYO) / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of Hyperthermophilic Archaeal Initiation Factor 5A: A Homologue of Eukaryotic Initiation Factor 5A (eIF-5A)
著者: Yao, M. / Ohsawa, A. / Kikukawa, S. / Tanaka, I. / Kimura, M.
履歴
登録2002年9月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Initiation Factor 5A
B: Initiation Factor 5A
C: Initiation Factor 5A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9173
ポリマ－45,9173
非ポリマー00
水5,026279
1
A: Initiation Factor 5A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3061
ポリマ－15,3061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Initiation Factor 5A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3061
ポリマ－15,3061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Initiation Factor 5A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3061
ポリマ－15,3061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.28, 93.28, 39.43
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 Initiation Factor 5A / Translation initiation factor 5A / Hypusine-containing protein


分子量: 15305.637 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / 遺伝子: PH1381 / プラスミド: pET-22b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O50089
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 4000, isopropanol, Hepers, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
20.1 MHEPES-NaOH1droppH7.5
310 %isopropanol1reservoir
420 %PEG40001reservoir
510 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月20日
放射モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 25949 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 42.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.349 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 3842 / Rsym value: 0.317 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
最低解像度: 100 Å / % possible obs: 100 % / Num. measured all: 148604
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BKB

1bkb


解像度: 2→10 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 2588 10.1 %RANDOM
Rwork0.185 ---
all0.101 25746 --
obs-25949 100 %-
溶媒の処理溶媒モデル: throughout / Bsol: 77.45 Å2 / ksol: 0.4885 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.749 Å20.133 Å20 Å2
2--2.749 Å20 Å2
3----5.498 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.193 Å0.108 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3155 0 0 279 3434
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.628
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.148
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.76
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.101
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.026
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.906
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.581
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2-2.070.27230911.70.20123292638
2.15-2.70.2742340.1892551
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: protein_rep.param / Topol file: protein.top
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 25746 / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.76
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.148

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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