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万見
- PDB-1iyr: NMR Structure Ensemble Of Dff-C Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iyr
タイトルNMR Structure Ensemble Of Dff-C Domain
要素DNA FRAGMENTATION FACTOR ALPHA SUBUNIT
キーワードAPOPTOSIS / DFF / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of deoxyribonuclease activity / negative regulation of apoptotic DNA fragmentation / deoxyribonuclease inhibitor activity / apoptotic DNA fragmentation / Apoptosis induced DNA fragmentation / negative regulation of execution phase of apoptosis / thymocyte apoptotic process / : / protein folding chaperone / positive regulation of apoptotic process ...negative regulation of deoxyribonuclease activity / negative regulation of apoptotic DNA fragmentation / deoxyribonuclease inhibitor activity / apoptotic DNA fragmentation / Apoptosis induced DNA fragmentation / negative regulation of execution phase of apoptosis / thymocyte apoptotic process / : / protein folding chaperone / positive regulation of apoptotic process / protein domain specific binding / chromatin / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dna Fragmentation Factor Alpha Subunit; Chain: A; / C-terminal domain of DFF45/ICAD (DFF-C domain) / DNA fragmentation factor 45kDa, middle domain / DNA fragmentation factor 45 / DNA fragmentation factor 45kDa, C-terminal / DNA Fragmentation factor 45kDa, C terminal domain / CIDE-N domain / CIDE-N domain / CIDE-N domain profile. / Domains present in proteins implicated in post-mortem DNA fragmentation ...Dna Fragmentation Factor Alpha Subunit; Chain: A; / C-terminal domain of DFF45/ICAD (DFF-C domain) / DNA fragmentation factor 45kDa, middle domain / DNA fragmentation factor 45 / DNA fragmentation factor 45kDa, C-terminal / DNA Fragmentation factor 45kDa, C terminal domain / CIDE-N domain / CIDE-N domain / CIDE-N domain profile. / Domains present in proteins implicated in post-mortem DNA fragmentation / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA fragmentation factor subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
データ登録者Fukushima, K. / Kikuchi, J. / Koshiba, S. / Kigawa, T. / Kuroda, Y. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Solution Structure of the Dff-C Domain of Dff45/Icad. A Structural Basis for the Regulation of Apoptotic DNA Fragmentation
著者: Fukushima, K. / Kikuchi, J. / Koshiba, S. / Kigawa, T. / Kuroda, Y. / Yokoyama, S.
履歴
登録2002年9月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA FRAGMENTATION FACTOR ALPHA SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1451
ポリマ－12,1451
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 30structures with the lowest energy
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 DNA FRAGMENTATION FACTOR ALPHA SUBUNIT / DFF45


分子量: 12144.617 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 5-111 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00273

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY

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試料調製

試料状態pH: 6.5 / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX8002

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解析

NMR software
名称バージョン分類
CNS1構造決定
CNS1精密化
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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