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万見
- PDB-1iy8: Crystal Structure of Levodione Reductase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iy8
タイトルCrystal Structure of Levodione Reductase
要素LEVODIONE REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Levodione reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Leifsonia aquatica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Sogabe, S. / Fukami, T. / Shiratori, Y. / Yoshizumi, A. / Wada, M.
引用ジャーナル: J.BIOL.CHEM. / 年: 2003
タイトル: The Crystal Structure and Stereospecificity of Levodione Reductase from Corynebacterium aquaticum M-13
著者: Sogabe, S. / Yoshizumi, A. / Fukami, T. / Shiratori, Y. / Shimizu, S. / Takagi, H. / Nakamori, S. / Wada, M.
履歴
登録2002年7月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LEVODIONE REDUCTASE
B: LEVODIONE REDUCTASE
C: LEVODIONE REDUCTASE
D: LEVODIONE REDUCTASE
E: LEVODIONE REDUCTASE
F: LEVODIONE REDUCTASE
G: LEVODIONE REDUCTASE
H: LEVODIONE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,81524
ポリマ－223,5628
非ポリマー6,25316
水17,186954
1
A: LEVODIONE REDUCTASE
B: LEVODIONE REDUCTASE
C: LEVODIONE REDUCTASE
D: LEVODIONE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,90812
ポリマ－111,7814
非ポリマー3,1268
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20300 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area30980 Å2
手法PISA
2
E: LEVODIONE REDUCTASE
F: LEVODIONE REDUCTASE
G: LEVODIONE REDUCTASE
H: LEVODIONE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,90812
ポリマ－111,7814
非ポリマー3,1268
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20230 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area30810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.672, 79.184, 112.670
Angle α, β, γ (deg.)103.87, 91.40, 105.48
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
LEVODIONE REDUCTASE


分子量: 27945.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Leifsonia aquatica (バクテリア) / 株: M-13 / プラスミド: pkk223-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LBG2
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 954 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.35 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG MME 2000, magnesium chloride, MPD, glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
結晶化
*PLUS
温度: 15 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
115 mg/mlprotein1drop
218-20 %(w/v)PEG2000 MME1reservoir
30.2 M1reservoirMgCl2
45 %(v/v)MPD1reservoir
55 %(v/v)glycerol1reservoir
60.1 MMES1reservoirpH6.0

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL24XU10.836
シンクロトロンSPring-8 BL38B121
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU RAXIS V1IMAGE PLATE2002年1月24日
ADSC QUANTUM 42CCD2001年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.8361
211
反射解像度: 1.6→40 Å / Num. obs: 261092 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / % possible all: 83.2
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 4 % / Num. measured all: 1031771 / Rmerge(I) obs: 0.081
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 82.7 % / Rmerge(I) obs: 0.263

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2HSD

2hsd


解像度: 1.6→40 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.219 13162 RAMDOM
Rwork0.199 --
obs-261092 -
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.18 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15232 0 352 1018 16602
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.53
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 16602 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.218
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.534
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 1.7 Å / Rfactor Rfree: 0.281 / Rfactor Rwork: 0.254

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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