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万見
- PDB-1ixx: CRYSTAL STRUCTURE OF COAGULATION FACTORS IX/X-BINDING PROTEIN (IX... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ixx
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF COAGULATION FACTORS IX/X-BINDING PROTEIN (IX/X-BP) FROM VENOM OF HABU SNAKE WITH A HETERODIMER OF C-TYPE LECTIN DOMAINS
要素(COAGULATION FACTORS IX/X-BINDING PROTEIN) x 2
キーワードCOAGULATION FACTOR BINDING / C-TYPE LECTIN / GLA-DOMAIN BINDING / C-TYPE CRD MOTIF / LOOP EXCHANGED DIMER
機能・相同性
機能・相同性情報


signaling receptor activity / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily ...: / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Snaclec coagulation factor IX/factor X-binding protein subunit A / Snaclec coagulation factor IX/factor X-binding protein subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Trimeresurus flavoviridis (ハブ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Mizuno, H. / Fujimoto, Z. / Koizumi, M. / Kano, H.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Structure of coagulation factors IX/X-binding protein, a heterodimer of C-type lectin domains.
著者: Mizuno, H. / Fujimoto, Z. / Koizumi, M. / Kano, H. / Atoda, H. / Morita, T.
履歴
登録1997年5月1日処理サイト: BNL
改定 1.01998年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COAGULATION FACTORS IX/X-BINDING PROTEIN
B: COAGULATION FACTORS IX/X-BINDING PROTEIN
C: COAGULATION FACTORS IX/X-BINDING PROTEIN
D: COAGULATION FACTORS IX/X-BINDING PROTEIN
E: COAGULATION FACTORS IX/X-BINDING PROTEIN
F: COAGULATION FACTORS IX/X-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,14212
ポリマ－87,9026
非ポリマー2406
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: COAGULATION FACTORS IX/X-BINDING PROTEIN
D: COAGULATION FACTORS IX/X-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3814
ポリマ－29,3012
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3850 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area11910 Å2
手法PISA
3
A: COAGULATION FACTORS IX/X-BINDING PROTEIN
B: COAGULATION FACTORS IX/X-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3814
ポリマ－29,3012
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3890 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area11920 Å2
手法PISA
4
E: COAGULATION FACTORS IX/X-BINDING PROTEIN
F: COAGULATION FACTORS IX/X-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3814
ポリマ－29,3012
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3870 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area12050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)172.200, 85.700, 65.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.493228, -0.834005, 0.24731), (0.795078, -0.316751, -0.517161), (0.352954, -0.451709, 0.819379)47.67068, 13.68843, 3.53878
2given(-0.534691, 0.765416, 0.358111), (-0.822233, -0.373424, -0.42952), (-0.195034, -0.524111, 0.829017)12.95387, 46.20907, 15.27883
詳細THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS THREE DIMERS ARRANGED AROUND A PSEUDO TRIAD.

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要素

#1: タンパク質 COAGULATION FACTORS IX/X-BINDING PROTEIN / IX/X-BP


分子量: 14845.512 Da / 分子数: 3 / 断片: C-TYPE LECTIN DOMAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trimeresurus flavoviridis (ハブ) / Secretion: VENOM / 参照: UniProt: P23806
#2: タンパク質 COAGULATION FACTORS IX/X-BINDING PROTEIN / IX/X-BP


分子量: 14455.071 Da / 分子数: 3 / 断片: C-TYPE LECTIN DOMAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trimeresurus flavoviridis (ハブ) / Secretion: VENOM / 参照: UniProt: P23807
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細IX/X-BP IS A DISULFIDE-LINKED HETERODIMER PROTEIN CONSISTING OF HOMOLOGOUS SUBUNITS. EACH SUBUNIT ...IX/X-BP IS A DISULFIDE-LINKED HETERODIMER PROTEIN CONSISTING OF HOMOLOGOUS SUBUNITS. EACH SUBUNIT IS HOMOLOGOUS TO THE CARBOHYDRATE-RECOGNITION DOMAIN OF C-TYPE LECTIN, AND IX/X-BP BELONGS TO THE C-TYPE LECTIN SUPERFAMILY.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化pH: 7.8
詳細: 60% SATURATED AMMONIUM SULFATE, 20 MM TRIS-HCL, 3 MM CACL2, PH 7.8
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 70 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Mizuno, H., (1991) J. Mol. Biol., 220, 225.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mMTris-HCl1reservoir
23 mM1reservoirCaCl2
360 %satammonium sulfate1reservoir
410 mg/mlprotein1drop
520 mMTris-HCl1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 288 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年5月28日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 29883 / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 30.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 39
反射 シェル解像度: 2.5→2.61 Å / Rmerge(I) obs: 0.229 / Mean I/σ(I) obs: 6 / % possible all: 75

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.5→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: PARAMETER AND TOPOLOGY FILES FOR SOLVENT WERE PREPARED FROM TUTORIAL FILES IN THE X-PLOR MANUAL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 1228 5 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.178 25211 80 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.2 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.25 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.41 Å0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6177 0 6 146 6329
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.19
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it4.291.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it6.32
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it6.412
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it8.692.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 166 5 %
Rwork0.265 3301 -
obs--66.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.19
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.3

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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